卫国军在南京夺大权，整编卫戍部队，迁移民众，哪一个动作都是明目张胆地对抗中央，致使全国上下谴责声一片，纷纷怒骂卫国军这是要叛国降日了。 中央政府反而只是通电严厉训斥，没有什么实际行动，估计老蒋是很乐意看到心腹大患在南京和日军血拼的。
不过，王旭根本没理会这些乱七八糟的事情，就算现在有再多的骂名，再多人觉得卫国军会降日，只要南京保卫战打起来，这些声音自然会消失得一干二净。 况且，他此时正致力于部署南京地区的整体防务，修筑防御工事，调集部队驻防，每一分每一秒都是前线阻击部队用生命换来的，哪有那闲功夫注意口水仗。
经过众人的参谋作业，再根据大家的建议和充分考虑实际情况，南京地区的防御将分为三道防线。 第一道最外围防线，主要是在镇江、丹阳、句容、溧水和当涂一线。 第二道防线主要是在南京市郊区，东北面栖霞山，东面大胡山，南面汤水镇、淳化镇，西南面袜陵关和江宁镇均为固守要点。 第三道防线则是南京城各城门据点和城墙阵地，利用坚固的城墙等防御工事与日军周旋。
其实，还有最后一道防线，那就是南京城内进行巷战，在外围防线均告失守后，王旭打算在南京城内与日军展开巷战，让南京彻底成为日军的恶梦。
此次南京保卫战地主力，当然是卫国军。 所以第一道外围防线由卫国军的三个军负责。 南京卫戍部队负责第三道防线，而且作为第二道防线的预备部队使用。 至于东北军和川军那些部队，也被王旭编入了预备补充部队。 最后到巷战那一步的话，当然就没什么主力不主力了，完全是以命换命的混战。
由于时间紧迫，所以第一道防线的卫国军士兵都是全体分班倒，24小时进行修筑防御工事。 尽管赶修工事的工作很累很辛苦。 但是没有一个人有怨言，因为大家都明白现在把工事修得坚固一分。 那开战时活下来地机会就多一分。
防御工事修筑进程非常快，这不仅是卫国军上下的努力，还得多亏了中央政府以前留在这里地大量防御工事打下了基础。 为了首都南京的防御，中央政府也算是花了大手笔的，不仅仅修筑了吴福锡澄两道国防工事线，而且南京周边地区也布置了大量的防御工事。 钢筋混凝土碉堡、地下火力点、各种掩体和防御壕沟等等是应有尽有，就是保管碉堡和掩体各处铁门钥匙的保长早就消失得无影无踪了。 这事当然就更好办了。 几颗手榴弹下去一切搞定，还有炸不开的干脆就拉来一门75mm步兵炮直接轰开。
后方得以大肆修筑防御工事，当然是因为前线部队对追击日军的阻击。
在日军突破吴福工事线之后，进逼无锡和江阴要塞。 江阴要塞在接到敌军来袭地通报前已经策定了作战任务，要塞以丙台，远程各炮与甲台构成对江面从张黄港到封锁线的江面封锁纵深，但一切能向陆地方转回转的火炮，都要支持陆军作战。 这使守军享有一定的炮兵支持。
黄山炮台由于处于江阴城外长江与太湖夹峙的狭长地带，上世纪三十年代初，中央政府为了阻止外敌沿长江航道向内地入侵，在原明清江阴炮台基础上进行了大规模现代化改造。 山体中修建坑道、活动炮位和地下工事，多层掩藏式仓库储存大量弹药、粮食，战争物资。 增设夜间探照灯和防空火力网，还耗费巨资从德国购进当时世界上最先进的大口径火炮数门，整个工程至1937年春才初步完成。
如此坚固的军事要塞，而中国守军又准备充分，因此有日军参谋建议对江阴只封锁不正面强攻，争取进攻守军侧背，则江阴地区的国军部队很有可能因阵地突出而主动放弃江阴。
这一策略无疑是十分聪明地，但是由于萩州立兵与大多数日军军官同样有着急躁和不正眼看中国军队的毛病，因此蛮勇地正面对江阴要塞发起了强攻。