首先，蒋介石派赴山西“协剿”红军的十几万中央部队，当红军回师陕北后，不仅毫无撤走的迹象，反而在山西发展起国民党组织，收买拉拢阎锡山的高级军官，甚至还在晋南策动河东道独立。不但如此，蒋介石又命令阎锡山从晋军中挑选15个团的兵力，附以骑、炮各1个团，西渡黄河，继续协助张学良围剿红军，而任这支部队总指挥的又恰恰是被蒋介石竭力拉拢、提拔，由蒋明令升任为19军军长兼第72师师长的李生达。要拉走相当于晋绥正规军四分之一兵力的15个团，又要让李生达任总指挥，蒋介石这样做的目的，阎锡山自然十分清楚，就是蒋想通过剿共削弱自己的实力，进而以李代己，把山西控制在他的手中，因此，蒋阎矛盾再一次尖锐起来。阎锡山已深感蒋对自己的严重威胁，曾发出“我不亡于共，也要亡于蒋了”（牛荫冠：《山西牺牲救国同盟会纪略》，《山西文史资料》第15辑，第3页）的哀叹。为了不使蒋的阴谋得逞，阎锡山来了个“釜底抽薪”，一面令李生达准备率部渡河，一面又派人收买李生达的卫士熊希月，在即将渡河的凌晨暗杀了李生达，然后打电话给蒋介石，借口“李生达被暗杀，军心不稳，请于缓期”（《阎锡山评传》第264页），从而暂时停止了晋军入陕。蒋介石明知这是阎锡山玩的手段，但却也无奈。虽然如此，可是由于蒋介石仍在一意推行其“攘外必先安内”的政策，尽管其对日态度开始有所转变，而其政策的重心仍然放在加紧军事剿共和消耗各地方实力派力量方面。阎锡山则出于民族存亡和个人统治的考虑，在“防共”、“剿共”的同时，开始着手整理军备，训练干部，修筑国防工事，因此，他不仅得不到蒋介石在国防准备上的积极支持，反而还要服务于蒋的“剿共”政策，这就不能不引起阎锡山的不满。1936年9月14日，在绥署省府扩大纪念周上，他就满腹牢骚地说：“我于去年及今春，曾数次电请中央，将晋绥军队与国家财政统归中央统一，兵权之留多留少，亦由中央决定，迄未蒙邀准，我当再行呈请”，并大声疾呼：“国家应当努力协助山西”（《阎伯川先生言论辑要》第126页）。由此可见，在民族危机加剧的形势下，阎锡山与蒋介石在对日态度和政策上，也逐渐产生了矛盾和分歧，而这种矛盾和分歧，比起“援军”赖在山西不走，又要晋军入陕这些问题来，更为深刻，也更难以化解和弥合。

其次，日本对绥察的侵略，也加剧了阎锡山与日本的矛盾。绥远、察哈尔两省，不仅是山西西北的重要门户，而且在经济上对山西也有着重要意义。这两省丰富的铁矿资源和皮毛等土特产品，都是“西北实业公司”进行生产和山西发展外贸出口事业所需要的重要原料。可是1935年日军占领察哈尔省后，阎锡山寄予厚望的这个原料基地不复存在。更使阎锡山感到威胁的是，此后不久，日本又在为阎锡山“军事统制”的绥远蒙古族上层策划分裂，在1936年初于绥西成立以蒙古族王公德穆楚克栋鲁普任总司令的“蒙古军总司令部”后，5月正式成立伪“蒙古军政府”和伪军性质的军事组织“大汉义军”。不久，即策动了对驻扎于绥东之晋绥军的进攻，与阎锡山发生了直接军事冲突。虽然阎锡山于8月平定了绥东战事，但他从种种迹象上断定，日本绝不会就此罢休，势必再犯，他在致蒋介石的函中，就指出：“日人对绥远晋北，在所必取。若绥远不守，不特‘大元国’圆满成立，‘大夏国’亦将发生。但守绥远须有强大之兵力与坚固之工事，不只兵力财力之问题，亦且有对日之问题，……请钧座将陕北剿匪另派兵力，抽拨三十团以上兵力，助山一拼”（《阎锡山年谱》（五），第1949页）。可是蒋介石不仅不给阎抽拨兵力，反而要阎再次派兵入陕，对此，阎无可奈何地说：“我这次从南京回来，是很知山西要有绝大的危难，……我决定自己牺牲一切，能救几分救几分”（《阎伯川先生言论辑要》（九），第109页）。日本在加紧侵略绥远的同时，对山西也多方觊觎窥测，一方面抱怨阎锡山如若他早与日本合作，就可以对共军共同作战，不至出现红军东征，并威胁说，山西一旦遇到共军袭击，日本绝不会袖手旁观；一方面则继续派遣大量人员进行所谓“参观”、“调查”。凡此，都使阎锡山倍感担忧，他与日本的矛盾也日益加深。