阎锡山为把山西军队大权掌握在自己手中，在把金永逼离山西，掌握了有30多个营的警备队后，即把矛头对准了黄国梁。当时黄国梁任督军府参谋长、第十二混成旅旅长。金永在晋时，阎锡山为表示自己庸碌无能，曾把军事上的许多事情交于黄国梁办理，以致在山西军界造成了只知有黄，不知有阎的现象。同时，阎锡山为避袁的猜忌，还主动裁减山西军队，最后只剩下了黄国梁的一个旅。但是，袁世凯死后，黄国梁不识进退，仍像以往那样跋扈，不仅对阎锡山不加尊重，阎锡山要他办的一些事，只要他认为不行的，无论阎锡山如何嘱咐，总是予以回绝，而且还想扩大自己的军权。他曾召集其秘书、参谋等拟订了一个扩军计划，要把1个旅扩充为1个师，计划制定得很详尽，只剩下把师长填上黄国梁三个字了。再加上黎元洪的代表金筱陶到太原后，就住在黄国梁家中，这又引起了阎锡山的猜疑，认为黄与黎暗中勾结，因此，当黄国梁的扩军计划送到阎锡山那里后，阎锡山终于忍无可忍，“立刻怫然变色，把计划仍在地上，拍着桌子喊道‘绍斋也太不把我放在眼里了！这样，干脆这个督军就由他当好了，何必还用我作傀儡呢！一点小事他都从来不听我的话！’”接着便把秘书长贾景德找来，拟了一个电报，以“黄国梁独断军事，虽无叛逆事实，实已迹近骄横，军人如此，国家纪纲，尚复何在”为辞，电请北京政府撤消黄国梁的职务。电报拍发之后，阎锡山又立刻把宪兵司令张达三找来，交给他一道“黄国梁着即免职，限即日离开太原”的手谕，并当面吩咐张达三，一定要监视黄国梁明天早车离开太原，并不得与军官们见面（周玳：《阎段勾结的一出丑剧》，《山西文史资料》第8辑，第4页）。张达三受命后，当即派出一连宪兵，包围了黄国梁的住宅。在此情况下，黄国梁只好于第二天一早乘火车离开太原，去北京另谋出路。黄国梁离晋后，所遗旅长职务，由孔繁蔚代理。

继而，又解除了董崇仁的晋南镇守使一职。由于董崇仁与袁世凯关系非同一般，阎锡山曾让董崇仁去北京袁氏那里为他活动过，所以，阎锡山从忻州返回太原复出都督后，即主动推荐董崇仁做了晋南镇守使，而袁世凯死后，一方面董已无可利用，另一方面是董面对晋南的反阎势力，“作风和缓”，“不加过问”，这不能不大拂阎意，因而，阎锡山遂以“不交截旷”为名，将董撤职，另委张培梅任了晋南镇守使。

不久，又收了孔庚的兵权。孔庚原来是吴禄贞的中校参谋，燕晋联军失败后，投到山西，阎锡山先是委任其为朔方兴讨使，到包头后又委为山西陆军第一师师长，驻在包头，因其用日本武士道精神训练军队，激起兵变。兵变时，军需正在他房间里打算盘算帐，孔嫌吵人，便躲到别的房间里，变兵冲进后，将军需当作孔庚，连开十几枪打死军需，孔庚侥幸逃脱。回到山西后，阎锡山又调其任晋西镇守使，不久改为晋北镇守使，驻守大同，拥有一个混成旅的兵力。孔庚为阎积极效力，阎锡山对孔也颇为信任。可是，在袁世凯称帝的问题上，他却与阎锡山相左，阎锡山怕袁世凯产生误会，迁怒于己，要将孔庚免职，并电呈袁世凯请罪。孔庚一怒之下，离开山西。袁世凯死后，孔又回到山西任晋北镇守使。但阎锡山已对他不信任了。为了解除孔庚的兵权，阎锡山曾导演了一次试探性的活动，以“大同驻军异动”为由，派赵戴文前往探究，尽管这次没有试探出孔庚有什么“异动”，但阎去孔之决心已下，于1917年8月将孔庚免职，委赵戴文暂代晋北镇守使，继由团长张树帜充实。孔庚被夺权后，只身走出，上了北京，投奔到大总统黎元洪门下。

阎锡山排除异己的活动进行得还算顺利。袁世凯死后，金永、董崇仁失去了后台，而沈铭昌、孙发绪又无什么背景，他们被免职后，尽管心中不满，却也无可奈何。可是，在强大压力下，被迫离开山西的孔庚、黄国梁并不善罢甘休，他俩的折腾与黎元洪的支持，几乎使阎锡山载倒，只是由于阎锡山的恩师段祺瑞从中斡旋，才使阎锡山躲过一劫。原来，孔庚第一次离山西后，便跑到与他有老乡关系的大总统黎元洪那里，与黎元洪的所谓“四大金刚”金永炎、哈汉章、黎澍、丁佛言，在黎的面前极力揭发阎锡山的劣迹，并且，孔庚还计划与黄国梁里应外合，取阎锡山而代之。为此，黎元洪秘密派代表金筱陶去太原，住在黄国梁的公馆里。对此，阎锡山并非不知，但他却不动声色。黄国梁被免职后，孔庚原先与黄里应外合的计划落空。及至孔庚被免职来到北京后，他与黄国梁更加紧了倒阎活动。加上“四大金刚”的怂恿，黎元洪为了限制与段祺瑞关系甚密的阎锡山，并把处于京畿之内的山西控制在自己手中，以巩固总统地位，决心用调虎离山之计把阎锡山调到北京，然后由黎秘密派遣孔庚与黄国梁二人回到太原，只要他们一到太原，黎元洪就明令发表黄国梁为山西督军，孔庚为山西省长。这时阎锡山远在北京，要想反对也就措手不及了。假如这个计划成功，阎锡山将会彻底垮台。

可是，似乎阎锡山命不该绝，黎元洪的这个计划被徐树铮在国务院听到后，私下报告了段祺瑞。段念师生之谊，忙把阎锡山找去，先把这个消息透露给他，并给他指出一条明路，叫阎锡山即日化装悄悄离开北京，间道回太原。只要阎锡山一到太原，黎元洪就不敢冒昧动手了。段祺瑞替阎锡山计划得十分周到，叫他明天一早乘坐京汉路车离开北京，到新乡，换坐道清铁路到清化，过王屋山，然后从旱路赶到太原。阎锡山回到驻地后，即把他的计划向周玳等随行人员讲了出来，不过他觉得还是坐京汉车到石家庄换石太车回太原比较迅速可靠，决定第二天早晨坐京汉路的慢车动身。为避免自己在上车时引起他人注意，便拿出400元大洋交给周玳和陈效愚，让他俩第二天一大早就赶到车站，把扬旗手和火车司机疏通好，叫火车开到扬旗地方时尽量开慢点，让他能够设法上了车。同时，叫周玳等四人在他走后不要出门，总统府派人来找他，就推说他病了，如果总统府派人来看他，就撒谎说到哪家医院看病去了，总之要想尽办法，把他们支吾过去。第二天，阎锡山按原定计划而行，经过化装，在周玳的帮助下上了火车，回到太原。在他的政治生涯中，第一次上映了“金蝉脱壳”之计。阎锡山回到太原后的两天，给北京的周玳打电话，让他给总统府打了一个电话。随后，周玳等人便离开北京，动身之前，赵戴文还到段公馆跑了一趟，面告段祺瑞，阎督军已按他的指示回太原了。阎锡山一回太原，孔庚等人的计划，就又落了空（周玳：《阎段勾结的一出丑剧》，《山西文史资料》第8辑，第6-7页）。

在这次变故中，阎锡山有惊无险，完全得益于段祺瑞的帮助。段祺瑞这样做，不仅仅是出于师生之谊，更重要的是，在“府院之争”中，阎锡山完全站在了段祺瑞一边，支持了他的恩师。