南下河东的南路军，一路可说是势如破竹，但后来却遇到了麻烦。还在南路军出发之前，阎锡山为兵不血刃，和平解决光复问题，曾决定派太平县（汾城）举人董桂萼赴南路进行招抚，但未成功。刘汉卿率部前进，起初尚较顺利，于11月29日通过晋南北部门户韩信岭后，12月2日进抵霍州，3日光复洪洞，5日晚抵达临汾。当时驻扎临汾的清太原总兵谢有功奉命带一哨官兵前往风陵渡一带视察黄河防务，以防陕西革命军东渡入晋。趁此机会，平阳革命党人侯少白、张维藩劝说清军前路巡防帮统陈政诗与民军议和，陈佯许之，阎锡山接电报后，即委陈为平阳知府，陈惶恐不敢接受，悄悄逃往绛州。所以，南路军未发一枪便进驻临汾。刘汉卿委任刘拱璧暂时署理平阳知府，并委派一些官员，对建立地方武装，城防等事项进行了初步安排。之后，12月12日刘汉卿即挥师南下。这时，从临汾跑出来的陈政诗到河东向谢有功汇报平阳情况。谢、陈决定率兵向平阳反扑。已进抵侯马的南路军，得知这一消息后，决定在闻喜与侯马间一个叫隘口的地方，阻止谢有功部队，可是，当南军赶至隘口时，隘口已为谢军占据，刘汉卿组织部队几次强攻都未成功，南路军大败。刘汉卿及前队排长苏金石等均被谢有功杀害。余部推举李大魁为临时管带，继续向南复仇，又未取胜，后来为保存力量，遂转退至平阳城内。

南、北两路军的进击，虽然未能完全实现所要达到的目的，但它却沉重打击了清军势力，瓦解了清朝的地方政权，从而有力地推动了光复全省的革命。这个成就的取得，是全省各地革命党人和广大民众艰苦奋斗的结果，也是以阎锡山为首的山西军政府为取得彻底摧毁清朝反动统治所做的进一步努力。

阎锡山与温寿泉等人忙于部署防堵清军和光复三晋，却忽视了对光复后的省城太原的卫戍工作。因而，太原光复后，曾一度出现了严重的放火抢劫行为，致使省城秩序混乱不堪。虽说历史上每遇大的变故，散兵游勇、市井无赖、地痞流氓辄趁火打劫，烧杀抢掠，并非鲜见，而太原起义后的这次混乱却来势汹汹，非同一般。

参加烧抢的，主要是起义当天被打散了的巡防队与陆军巡警。据张树帜回忆：10月29日下午一时，副都督温寿泉率张树帜、马子乔看守藩库，并未携带枪械兵士。“不料甫至藩库，巡防队勾串陆军巡警数百人，已入库抢掠。寿泉等止之不得，固下令有看守银库者，每兵赏银一百，不听；复下令每兵赏银二百，仍不听；再下令有能将抢掠者击退，将库银全部赏给。士兵不服其令，举枪即击，寿泉等由间道回都督府，随即到咨议局商办善后事宜”（张树帜：《山西辛亥日记》，《山西文史资料》第76、77合辑，第136页）。与此同时，许多士兵还在商号和老百姓家里出出进进，抢劫财物，有的士兵在厨房里炉火上坐铁锅，熔化他们抢劫来的妇女银首饰。大白天的劫掠竟如此肆无忌惮，而到晚上，发生的另一起变故，更发展为对市内商店和百姓的大规模疯狂抢劫。

原来，起义的当天，农历九月初八日，正是阎锡山29岁生辰，傍晚，他在自己寓所接受亲友的道贺后，就去了八十六标二营即标本部寓所。这时，八十五标三营管带熊国斌未奉命令，便带着他的全营士兵，排列在二营西墙下，“假月影以掩其迹，意在暗刺都督，恢复清政府。伺都督旋营，该管带以要事谒见，甫晤面即出手枪，都督窥其诡谋，猝然伏地，幸未中弹，都督护兵立即枪毙该管带”（张树帜：《山西辛亥日记》，《山西文史资料》第76、77合辑，第136页）。而阎锡山在其回忆录中，则说：“就在这天晚上，我住在二标二营，一标三营管带熊国斌忽然带着他的全营兵来，一见我就说：‘我是来保护都督来了’，我素日深知他是巡抚派，此来必然是乘我不备为陆巡抚报仇。我毫未迟疑地答复他说：‘好吧！你先命你的队伍架枪集合，集合好后向我报告，我给他们讲话’。当他再进来向我报告时，我就一枪将他击毙，并向他部下宣布说‘熊国斌是要反革命，现已被我处决，你们赞成革命的架枪原地侯命，不赞成革命的自动回营。’结果有两连留下，其余溃散，结束了这一惊险的场面”（《阎锡山早年回忆录》，引自《山西文史资料》第76、77合辑，第51页）。无论哪种说法比较客观，反正熊国斌行刺未成，阎锡山躲过一劫这是事实。然而，由于阎锡山对一标三营的处置欠妥，却给已经开始的劫掠行径火上浇油。因为这些溃散的士兵出来之后，也加入了抢劫的行列。于是，到了晚上，乱兵进而放火烧了藩库，接着“钱商、银号、票庄所在之街如麻市街、活牛市、通顺巷、大中寺等处均遭放火抢劫”，城内火光冲天，枪声不绝。大火中，军装库也被抢掠焚烧，军装已失十之。