对此威尔逊亦有自辩之词。他虽然身为美国政府的科学顾问，但极力否认自己的研究是出于任何政治目的。威尔逊委屈地说自己在该书出版时基本是个政治白痴，对意识形态一点都不感兴趣。他与道金斯等人都重申了这样的科学原则，即科学是客观知识，只要具有可检验性即可，而与政治及意识形态无关。所以，纯粹科学的研究不应该顾虑是否存在某种政治上的危险性。

威尔逊还认为，真正的科学有权自由地追求知识，并且可以创造人们所需要的知识，有助于更好地认识问题和解决问题。在这方面，社会生物学研究没有错误，也不应该停止。道金斯也支持威尔逊说，我们只关心什么东西是真实的，而不是有意要为什么事情提供辩护。

古尔德和列万廷则针锋相对地表示，科学必然包含政治和意义形态，回避这一点是自欺欺人的行为。虽说不是为了辩护而研究，但事实上确实提供了辩护。

生物学家蒙塔古(AshleyMontagu)也反驳了威尔逊的这一说法。他指出，所谓“客观”与“冷静”是不可能达到的境界，科学家也是人，是必然带有某种情感和偏见的人。比如现代的生物学界分为两大派，一派相对保守，相信基因的力量对人的影响大于环境的力量；思想比较自由的人则倾向于环境的力量超过基因的力量。每个人都会身陷这两派之中不可自拔。威尔逊就明显相信基因的力量，虽然他自己不承认有偏见，那只是他没有意识到这一点罢了。蒙塔古还说，试图将社会科学纳入到自然科学中去的做法和想法都是不现实的，是本末倒置。教育的作用在很多方面大于遗传，这是生物学家所认识不到的一面。

法国学者费伊(MichelVeuille)为了全面反驳威尔逊的理论，专门写了一本小册子，并于1986年由法国大学出版社出版。费伊在书中明确指责“社会生物学”是一个模糊的概念，是一个空洞的口号。

批评如潮水般涌来，文风又如此辛辣，以至于威尔逊有点招架不住了。他自问道：我在社会生物学这个主题中扯上人类行为，是否犯了致命的错误？他甚至担心自己会被当成一个差劲的科学家以及社会上人人喊打的过街老鼠。他还曾用复杂的心情回忆说：我在写《社会生物学》的时候，或许写到黑猩猩的地方时就应该结束，许多生物学家都希望我真的那么做。好几位评论者甚至说：如果我没有添上最后一章有关人类的章节，《社会生物学》将会是一本伟大的著作。

威尔逊的一些支持者也作出了强硬的回应，他们回击反对者受到了过多马克思主义思潮的影响，所以对其他科学家也妄加猜测，以为别人的研究也都带有强烈的政治色彩。连威尔逊本人都指出反对者的很多批评都是基于捍卫马克思主义哲学的目的。

看来，声明科学应远离政治的威尔逊其实具有很强的政治洞察力。

尽管社会生物学研究者们一再强调不为政治服务，但其谈论的主题已被另一些人毫无顾忌地拿出来当作科学依据了。美国媒体上出现了大量由个人或团体创作的文章，提出很多激进和有争议的观点，比如为“男性统治现象”提出强力辩护，提倡“有优越基因的人应该成为社会的领袖”。“男性至上主义”则强调“男性的支配是出于天生的攻击性”。这些道貌岸然的理论无不以社会生物学为科学后盾，不断提及人的“本性”和“决定”之类的字眼。这已引起社会生物学批判者的极大忧虑。社会生物学正在不断远离学术本身，成为意识形态之争的有力武器。或许威尔逊本不愿看到这一点，但此时他对此已是无能为力了。

英俊而又易怒和好斗的道金斯对英国政府的某些颇具社会生物学色彩的政策也只能表示“十分的愤慨和遗憾”。他又为社会生物学研究辩护说。我们并不提倡以进化论为基础的道德观，我们讨论的只是事物如何进化，而不是讲人类应该怎么做才符合道德规范和准则。我们不希望人们误解我们的研究。