《物种起源》既没有研究物种的起源，更没有研究人的起源，他甚至都没有在书中明确提到人类可能起源于动物。当华莱士写信问他是否打算在书中讨论这一问题时，达尔文回信承认：“应该避开这整个主题，因为这一主题被太多的偏见所包围。”但达尔文仍然对这个问题有强烈的向往，并在《物种起源》中明确指出“人类的起源及其历史将被照亮”。人类起源及发展问题最终将得到完美的解释。

谁来解释呢？当然不能靠神学家，他们那一套说法太容易，以至于没有挑战性，我们仍需要科学的解释。

为此，达尔文一直在努力。

早在达尔文之前，布丰就已提出过“人猿同祖”的概念。而达尔文在《物种起源》中也暗示了人类起源于动物的可能性。后来的学者们纷纷对此进行了诠释，赫胥黎于1863年出版《人在自然中位置的依据》，从解剖结构上论证了人类与大猩猩和黑猩猩等灵长类动物存在密切关系，一棒子把人类打入了动物王国。这一研究在全英国引起了轰动。当时一位虔诚的女教徒曾不知所措地说：“我的上帝！让我们祈祷这不是真的。如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情！”

对此，达尔文曾不无愤怒地指出：“无知常常比知识更容易使人产生自信。正是那些什么也不知道的人，而不是那些懂得很多的人，才绝对地断言这个或者那个问题不可能由科学来解决。”

吃一堑长一智的达尔文知道写书要快的道理了，从1860年到1872年十二年间把《物种起源》不厌其烦地修订了七次，并不断接见各地涌来的粉丝。此外还出版了十部专著，这些作品都以《物种起源》为中心对生物进化理论展开地毯式论证，其中比较有分量的是1871年出版的《人类起源和性选择》一书。关于性选择，将在后面专门讨论。

因为关于人类进化的化石资料少得像葛优的头发，达尔文主要还是依靠他那强大的头脑开展推测工作，并得出了人类的祖先与大猩猩和黑猩猩的祖先有亲戚关系，而且很有可能起源于非洲的论断。令人难以想象的是，这些推测甚至人类大致起源时间的推测基本都已被现代考古学所证实！

与江湖中广为流传的说法很不一样，达尔文并没有说过人是由猴子变来的，也没有说是从类人猿变来的。达尔文只是推测，人应该是由一种与类人猿相似的家伙进化来的。他很自然地从人类胚胎学着手探讨人的起源问题，人胚胎中的退化器官及返祖现象让达尔文情不自禁地浮想联翩。他当然也很相信当时还没有过气的胚胎重演论，从中他得出结论：“我们知道人类起源于一种带毛的、长有尾巴和尖耳朵的哺乳动物。”

这怪不得达尔文。胚胎重演论实在是一个迷人的理论，德国生物学家海克尔(ErnstHaeckel)画的那个几种动物胚胎发育过程对比图充斥于大批的生物教材中，这些图片清楚地表明不同的动物在胚胎发育过程中有明显的形态相似阶段。这似乎可以证明，所有的阿猫阿狗虽然现在看起来不一样，但它们的胚胎在重复了它们祖先走过的光辉岁月，并表明它们的原始阶段的长相是大差不差的，胚胎发育过程等于是回放了一次动物从简到繁所走过的江湖故事。也就是说，胚胎的发育再现了系统的进化过程。