百科全书式的恩格斯用他那超级脑袋扫描《物种起源》时，也看到了其中存在的不足，恩格斯曾明确表示，他虽然同意进化论，但对于生存斗争和自然选择的意义仍持保留意见，他认为这一理论还很不完善，因为达尔文没有强调生物协作的重要性。恩格斯甚至极具专业眼光的指出：“达尔文在说到自然选择时，并没有考虑到引起单个个体变异的原因，也没有清楚地说明这种个体的偏离怎样逐渐成为一个品种、变种或种的特征。”虽然恩格斯不是生物学家，但毫无疑问，这个聪明的大胡子的判断是正确的。

不过恩格斯也对达尔文的理论可能产生的副作用表达了严重的不满，他指责达尔文的“全部生存斗争学说，不过是把霍布斯一切人反对一切人的战争的学说和资产阶级经济学的竞争学说，以及马尔萨斯的人口论从社会搬到生物界而已”。“变完这个戏法以后，再把同一理论从有机界搬回历史，然后就断言仿佛已经证明这些理论具有人类社会的永恒规律的效力。”为此，恩格斯抨击达尔文“是蹩脚的自然科学家”。但这并不妨碍恩格斯把进化论与能量守恒定律、细胞学说并称为19世纪自然科学的三大发现。

其实在这里，恩格斯表达了一种担心，对社会达尔文主义的担心，而事实证明，恩格斯的担心是完全有根据的，因为斯宾塞(HerbertSpencer)所提出的“社会达尔文主义”在当时已相当的有市场。斯宾塞们明确指出，穷人是社会中的“不适”者，应该被自然淘汰掉，所以政府不必施以救助。

恩格斯认为生物间的关系很复杂，既“包含有意识的和无意识的合作，也包含有意识的和无意识的斗争”，而不能一概用生存竞争来加以解释。这也是伟大的社会主义理论的思想核心之一吧。可惜根据天堂理论弄了一个人民公社，却仍然存在你死我活的竞争。理想的高尚不会天然地带来人格的不俗。

列宁在1894年也及时地认识到，达尔文的理论“第一次把生物学放在完全科学的基础上”。

总的来说，这些革命的导师们对达尔文理论基本采取赞成的态度，也为后来的包括中国在内的社会主义国家毫不费力地接受进化论铺平了道路。不过有意思的是，强硬的斯大林在1906年发表的《无政府主义还是社会主义》中却犹犹豫豫地指出：“看来也绝不能断言，马克思主义对达尔文主义采取不批判的态度。”这大概为后来李森科(TrofimLysenko)登场表演埋下了伏笔。

《物种起源》虽然大卖，社会影响热烈，但在当时带来的效果却是让达尔文哭笑不得的。很多人受此书的影响相信了生物是进化的，而这一点并不是达尔文的独家理论，如他自己所列出来的那一串名单一样，已有很多人提到过了。而达尔文自己真正的独门秘笈“自然选择”却饱受怀疑甚至是诋毁。这种待遇在刚一出版就已强行降临，然后一直折腾到了现在。

关于自然选择的结果，曾遭受过一次危险的批评，几乎要从根本上否定了达尔文的学说，那就是指责“适者生存”的理论是同义反复，就等于是在说“可以生存的生存”，不客气一点说，适者生存这种表达就是一句废话，因为这种说法就像是说“我爸爸是我父亲”一样，不含任何有用的内容。这样空洞的理论当然要被剔除出科学领域，或者让它自行垮掉。

著名的科学哲学大师波普尔(KarlPopper)对这一问题的插足使其变得更为复杂起来。波普尔也是玩文字的大师，他对这类逻辑上的东西犹为**，几乎一眼就看出其中似乎存在的问题，并表态说，这种逻辑上的同义反复的理论是无法检验的理论，因为适者才能生存，而生存的当然都是适者，我们找不出任何相反的例证，所以这个理论无法伪证。