从那时起华莱士就开始和达尔文有了书信交流。令人遗憾的是，在通信中达尔文没有向华莱士敞开心扉，他没有明确提到自己的理论，只是告诉华莱士自己在这方面的研究可能会走得更远。而且指明，如果要让华莱士理解自己的工作，可能需要很长时间。所以华莱士不知道达尔文到底是怎么想的，以至于一直认为他自己仍是独自持有这种观点。

作为后学，华莱士珍惜达尔文对他的鼓励，并曾很兴奋地写信给好友贝茨谈起了这件事。他告诉贝茨：他知道达尔文正在写关于物种和变异的作品，而且还知道达尔文为此已准备了二十年。

华莱士继续独自在群岛上大量采集动植物标本，研究彼此之间的关系，并探究火山、浅海和岛屿的成因，八年间总计行程两万多公里，收集了十万多件动植物标本。

到达群岛三年以后，也就是1858年，华莱士在济罗罗岛上再次遭到疟疾的侵袭，不得不卧床休息。百无聊赖地躺在病**时，和达尔文一样，华莱士也想起了马尔萨斯的人口理论，结合自己的考察成果，他最终想到了物种演化的动力，那就是自然选择！狂喜之下，华莱士只用了三天时间就写了一篇论文来论证这个思想，并迫切需要找一位同行进行讨论，不巧的是，他又想到了达尔文，因为他知道达尔文对这一问题也很有兴趣，于是他就把那篇名为《论变种无限离开原始型的倾向》的论文寄给了达尔文，并要求达尔文看后把论文交给赖尔。在文中，华莱士明确提出了自然选择的观点，指出健全的物种可以生存，而薄弱的物种肯定会归于死亡。

华莱士以自己单纯而特殊的方式给达尔文带来了巨大的烦恼。

达尔文收到信后的苦恼心情在文章开头就已经描述过了，没有必要让达尔文为此而再痛苦一次。

可是达尔文仍然很痛苦。

他承认，华莱士独自形成的理论简直就是他将要完成的著作的摘要，而华莱士在论文中使用的词句几乎正是他这一著作中各章节的标题！苦恼无处排解时，达尔文写信给好朋友赖尔说明了自己的难处。他告诉赖尔，虽然华莱士没有说明要发表这篇论文，但他会写信建议华莱士发表，然后又万分痛苦地说出了自己心底的深渊，他为之苦思冥想了二十多年的理论将要面临着灭顶之灾。尔后又心有不甘地指出，华莱士的论文对他来说，并无新鲜之处，他才是真正率先提出这一理论的学者，只不过论文没有拿出来发表而已，有多位科学界的朋友都可以为他作证，包括好朋友胡克。可是反过来，达尔文又非常担心，如果自己和华莱士争夺优先权，有一天可能会被后人所鄙视，甚至把他当成一个卑劣和低贱的人。对于一个看重名声的绅士和知识分子而言，这实在是一道难以跨越的槛。所以他甚至想到了要焚毁自己的所有手稿，以此来保全自己的一世清名。

达尔文怀着矛盾的心情不断地给赖尔写信，不停地诉说着自己的苦恼，他直言自己简直要瘫倒了，请赖尔无论如何要想出一个解决的办法来。

也就在同时，达尔文的好朋友胡克当然也知道了这件麻烦事。胡克和赖尔利用自己在英国科学界的特殊影响力，为达尔文安排了一个折中的解决办法。他们要求达尔文立即整理出一个简洁的文章纲要出来，然后和华莱士的论文一道于1858年7月1日提交给林奈学会，经他人宣读后在学会的刊物上同期发表。

华莱士对此解决办法一无所知，仍然在马来群岛继续他的考察工作，收到达尔文的信时事情已经结束了。1859年1月，华莱士给达尔文回了一封信，非常大度地表示同意胡克和赖尔的安排。华莱士并告诉达尔文，对他来说，能和达尔文同时想到自然选择理论是一件非常荣幸的事情。需要说明的是，华莱士竟不知道自己的论文已被发表了。

有意思的是，这两个同时发表的文章并没有引起什么反响，大概是学术性的杂志读者偏少的原因。但学术界对此也缺少准备，林奈学会在当年的年度总结中曾提到，这一年没有什么值得庆祝的革命性发现。