被告方为斯科普斯辩护的是自由律师达罗(ClarenceDarrow)，他是一位享有盛誉的“劳工辩护律师”，也是个好斗的坚定的无神论者。本来美国公民自由联合并不想请达罗帮忙，因为无神论的背景可能会影响案子的宣判，但斯科普斯敬仰并相信达罗，于是达罗操刀上场。这一场对决注定十分精彩，民众对此充满了期待。

不利的是，主审法官劳尔斯顿(JohnRaulston)是一名虔诚的教徒，处处不离《圣经》，甚至每次开庭时都要先做一番祷告。达罗对此非常不满，曾对祷告仪式提出抗议，但没有被法庭接受。更为不利的是，随机抽来的十二名陪审员，竟然有十一名是教堂成员，并且多为没受过正统教育的农民。从这个人员组成来看，进化论者其实已经输定了。

此次法庭对决，美国科学促进会没有直接插手，他们只是借这个机会组织科学家通过大众媒体和各种形式的演讲来大力宣传进化论，并在《科学》杂志上发表社论支持进化论。他们一再向大众声明，进化论已得到了全世界科学家的公认，达尔文的学说已成为人类历史上最重要的科学成就之一。该协会许诺向斯科普斯提供科学专家顾问团，但这一提议被作为原告方的布莱恩所拒绝了。他知道专家作证意味着什么，在专业知识上要让他们与专家对抗，那是自取其辱。所以布莱恩明确表示，把专家带到法庭上来是不合适的，允许专家就此问题作证，意味着用专家的判断取代陪审团的判断，更意味着等于让陪审团承认自己的无知和愚昧，没有资格审判这件小小的案子。

这样一说，法官果然拒绝了专家出庭作证。达罗对此决定提出了强烈的抗议，结果被判蔑视法庭。

达罗在此次辩护中，采取的主要措施是告诉法官，科学与宗教并不是对立的，他们的内容虽然不同，但却是和谐一致的。科学解释的是物理和物质领域的现象；宗教所涉及的是精神领域。学生有信仰的自由，但也有权了解有关人的所有的真理，进化论正是这真理中的一部分，不应被禁止。

达罗声称：科学理论是试探性的，是可以被不断完善的，他的体系是开放的、更新的，其主要作用是指导技术的进步，改善人的物质生活；而宗教中的论断则是终极性的，内容是不变的，体系是封闭的，一切都无法改变，其主要功能只是为了人道德的教导和精神的慰藉。

然后，达罗提出了一个最具攻击性的论点。他指出，科学理论一旦被认为是正确的，科学共同体就会一致承认并接受。所以，在真理面前，只有一个科学界。而宗教则不然，他们有不同的信仰，每一宗派都认为自己的信仰才是正确的。只是美国就有五百多个宗派。那么，谁才真正有资格代表所有的宗派呢？而且，有的宗教人士公开表态支持进化论。那么，布莱恩以宗教的名义提起的诉讼就是无效的，他不能代表普遍的宗教界的观点。

布莱恩的控告要点则是：第一，进化论缺乏科学的实证；第二，把进化论教给学生妨碍了他们对宗教的信仰和对社会价值的认识；第三，信奉《圣经》的大多数人应该掌握公立学校的教学内容。对布莱恩而言，科学家信不信进化论并不重要，重要的是公众有权决定学校应该教什么。

布莱恩再一次拿出了科学哲学这一武器，他从根本上否认进化论是科学理论，因为科学理论要求有实验事实可以重复验证。并且当与实验事实不符时，它可以被证伪。比如牛顿力学，相对论和热力学的诸多定律，都是如此。可是进化论描述的是亿万年才能发生的事情，在目前人类科技水平下，根本没有可能重复这一过程。所以进化论不能被证伪，也不能被证明，只能算作是一个科学假说，而不是科学理论。