这与达尔文自己对进化论的认识有关。达尔文坚信，根据自然选择，起源相同的各种生物类群的出现，在自然选择的压力之下，其进程必须是比蜗牛祖宗还要慢的极其迟缓的过程，而不应该在很短的时间内突然蹦出很多东西来。可问题是，无论当时，还是现在，化石记录并没有像达尔文想象的那样完整地体现了这个缓慢的过程。古生物学家们也一直有一个不愿意说出口的看法，那就是物种之间确实缺少中间环节。教科书上绘制的进化树，其实应该用一个一个点来表示，而不是用线把它们连起来，因为当中的这些线，至少在化石上看起来，似乎是不存在的。而这些点，有时是可以密集地出现的，在化石方面的表现就是最为著名的寒武纪物种大爆发，那简直就是直接在扇达尔文的耳光。达尔文在《物种起源》的最后一版中忧心忡忡地写道：“这个问题现在肯定还不能理解，而且会很快被用作反对这里所论述观点的有力论据。”

达尔文说对了，寒武纪物种大爆发自发现以来，直到现在，就一直被作为攻击进化论的重磅武器。

所谓寒武纪物种大爆发，是指在五亿六千万年到五亿三千万年前的三千万年时间内，特别是在其间最热闹的三百万年间，物种门类从少到多迅速出现的过程，并且个体复杂程度也呈急剧上升趋势。这个“迅速”，并不是像反进化论者所传言的那样所有物种是在一夜之间突然全冒出来的，那只是与之前的长达三十多亿年的物种简单期相对而言。在此前的三十多亿年里，几乎一直是单细胞生物的天下，铺天盖地地到处都是蓝藻之类的简单生命。可是在寒武纪的这热火朝天的三千万年内，却不断地出现新的物种，以至于这一段时间内出现的生物种类比现存的生物门类总数还要多。现代动物界中90%以上的类别都起始于寒武纪早期。寒武纪一声枪响，奠定了现代动物多样性的基本格局。但同时，有许多看起来奇奇怪怪的生物门类在出现不久以后就永远消失了，因为它们不符合自然选择的要求。

需要再次强调的是，虽然这一现象被命名为“大爆发”，但其变化的过程仍然是在漫长的年代里按照从少到多，从简单到复杂的程序进行的，这一点并没有违背达尔文的理论。所以，当神创论者责问著名进化论学者霍尔丹(JohnHaldane)有什么证据可以否定进化论时，他回敬了一句著名的话：“一只前寒武纪的兔子化石”。如兔子般复杂的动物，只能是按照化的顺序在更晚的时期出现。从这种意义上来说，所谓的寒武纪物种大爆发其实并没有影响到进化论的基础。让达尔文烦恼的只是，它们出现的速度有点快了。他希望它们能慢慢地出现、不断地出现，最好在漫长的地质年代中呈均匀的连续性分布，这样看起来就漂亮多了，解释起来也省事，完全符合“物种渐变论”。

这是为什么呢？物种为什么会在寒武纪风起云涌的出现呢？

有两种对立的假说。一方认为，寒武纪物种大爆发是一种假象，在这之前肯定有很多老祖先，只不过软体动物柔软的身体极不容易留下化石，所以造成了一种假象，似乎那些有壳的和有骨架的后代是突然出现的。

在达尔文时代，他采取的就是这种处理方法，他坚持在寒武纪之前就应该存在连续的不断出现的物种，只不过这之前的化石都没有被找全而已。按照这一观点，如果能找到全部需要的化石的话，完全可以勾勒出一条物种由少变多的渐进过程。