1929年

受聘南京国立中央大学历史系副教授，讲授清史，自此开始专注于历史研究。

1930年

将原《心史史料》第一册增入《太祖纪》作为清史课讲义，由商务印书馆出版，名为《清朝前纪》，该书先详部族，后叙世系，于清朝先世事迹发明最夥，被誉为“有关满清祖先史实的开山之作”。

1931年

秋，受聘国立北京大学历史系教授，先后开设“满洲开国史”、“明清史料择题研究”、“明清史”和“清史研究”等四门课程，并总负责整理北大所藏内阁大库档案。得益于北平丰富的图书资源和内阁大库档案，继之以汲汲钻研，此后七年成书数百万言，远迈于旧日之所作，有功于学术亦最宏。

1932年

4至6月，编写《清史传目通检》，陆续发表于《北平图书馆馆刊》。10月，论文《清世祖布库里英雄考》发表于《中央研究院历史语言研究所集刊》。12月，论文《建州卫地址变迁考》《〈清史稿〉应否禁锢之商榷》《辽碑九种跋尾》发表于北京大学《国学季刊》。

1933年

2月，论文《文馆词林校记》发表于《北平图书馆馆刊》。10月，《选刻四库全书评议》发表于上海《青鹤》杂志。同年，《〈上虞罗氏所刻山中闻见录题跋〉附〈平寇志跋〉》《重印朝鲜〈世宗实录·地理志〉序》发表于《中央研究院历史语言研究所集刊》。

1934年

自刊出版《清初三大疑案考实》。清史课程讲义《清史讲义》由北京大学出版，并在北京大学《史学论丛》《国学季刊》等刊物发表多篇论文。北京大学开始出版《明元清系通纪》，该书是按明代之纪元叙清代之世系，旨在阐述满清先世史实的巨著。全书计划编辑四十册，二百五十万言，至1937年共出版十六册九十九万余言。

1935年

《清初三大疑案考实》由北京大学出版。

1936年

《明史讲义》《八旗制度考实》由北京大学出版，后者系阐明满清根本制度演变的权威之作。是年秋，开始对《水经注》研究的论辩发生兴趣，撰文数篇论证戴震窃取了赵一清著作。

1937年

5月，北大师生联合为其庆祝七十大寿，撰《香妃考实》一文作为答谢。8月，因日本东方文化委员会强索《俄蒙界线图》愤而成疾，入北平协和医院治疗。11月，郑孝胥前来探望，赠诗责以大义。

1938年

1月14日，因病医治无效，病逝于北平协和医院。

[1] 本年表由北京师范大学历史学院博士生贾浩撰写，参考了北京师范大学古籍与传统文化研究所邱居里副教授编写的《孟森著述要目》。