未几欲草即位诏，廷臣俱举荐孝孺，乃复令出狱。孝孺仍衰绖登陛，悲恸不已。燕王恰降座慰谕道：“先生毋自苦！朕欲法周公辅成王呢。”孝孺答道：“成王何在？”燕王道：“他自焚死了。”孝孺复道：“何不立成王子？”燕王道：“国赖长君，不利冲人。”孝孺道：“何不立成王弟？”燕王语塞，无可置词，勉强说道：“此朕家事，先生不必与闻。”遁辞知其所穷。孝孺方欲再言，燕王已顾令左右，递与纸笔，且婉语道：“先生一代儒宗，今日即位颁诏，烦先生起草，幸勿再辞！”孝孺投笔于地，且哭且骂道：“要杀便杀，诏不可草。”燕王也不觉气愤，便道：“你何能遽死？就使你不怕死，独不顾九族么？”孝孺厉声道：“便灭我十族，我也不怕。”说至此，复拾笔大书四字，掷付燕王道：“这便是你的草诏。”燕王不瞧犹可，瞧着纸上，乃是“燕贼篡位”四字，触目惊心，然孝孺也未免过甚。不由得大怒道：“你敢呼我为贼么？”喝令左右用刀抉孝孺口，直至耳旁，再驱使系狱。诏收孝孺九族，并及朋友门生，作为十族。每收一人，辄示孝孺。孝孺毫不一顾，遂一律杀死。旋将孝孺牵出聚宝门外，加以极刑。孝孺慷慨就戮，赋绝命词道：“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计分，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉！庶不我尤。”孝孺弟孝友，亦被逮就戮，与孝孺同死聚宝门外。临刑时，孝孺对他泪下，孝友口占一诗道：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”都人称为难兄难弟。可惜愚忠。孝孺妻郑氏，及二子中宪、中愈，皆自经。二女年未及笄，被逮过淮，俱投河溺死。宗族亲友，及门下士连坐被诛，共八百七十三人，廖镛、廖铭等俱坐死。灭人十族，不愧燕贼大名。