首先，秦三先生是会武功的，而且很高，高得不可思议。他为了研究病理和药理，甚至挖坟盗尸，将人细细分解，由此不但对药理，而且对武功都有了自己独特的理解。他常说：“人之所以异于禽兽者，不在于言语，在于意识。”又说：“所谓修炼内家真气者，不在于丹田经脉，亦在于意识。”他最后将药理和武功殊途同归，创出“魔衣碎玉功”。这门内功与药一样，可杀人，也可活人。最重要的是，它锻造锤炼的主体并非丹田经脉，而是来自于头脑的“意识”，强化意识对身体的掌控。当修炼境界突破死境和生境，进入涅盘境之后，秦三先生认为根据自己的理论可以褪去与禽兽无异的臭皮囊，代之以和神一般的“意识”相匹配的“神躯”，最终实现“长生”。

为了传承自己所领悟的天机，秦三先生精心挑选了三位资质卓绝的弟子，不但让他们学他的功夫，还要与他共同切磋，相互启发，一起领悟。

三位弟子后来各有不同的追求。二弟子何榘与师傅一样，专注于“长生”，相信只要甩去那拖累人的臭皮囊，可以脱凡成神。努力突破玄境、死境、生境，向着涅盘境奋勇前进。

大弟子则走上了另一条道路。他认为长生之说虚无缥缈，不如掌控当下。于是专攻杀人之术，精研掌控人心，成名虽然晚于何榘，后来却比他更厉害，成为跺一跺脚江湖乱颤的大人物。此人姓石，由于家中贫困，父母不识字，给起烂名叫“石歪牛”，好在成名之前他已给自己换了个有气势的名字“石惊鸿”，江湖上则通常用另一个名号称呼他---“魔尊”。也就是“光明圣教”的教主，教内称他“光明圣尊”，号称“大光明天在凡间的化身”。

三弟子黄惕与大师兄走得近，也喜欢精研“掌控”，但他掌控的并非人心，而是天地。他认为万物有灵，只要懂得沟通，从风雨雷电到花鸟鱼虫，无一不可*纵。后来他也加入光明圣教，担任四大圣王之首的“龙王”。并将自己的心得分别传授六名弟子，六人各自建立自己的一套功法体系，各有擅长掌控的领域，即为几十年来传承不绝的光明圣教“六大神将府”。不过最近老水神和水神府少主都被白鹏用计杀死，水神一脉多半是断了香火。

嘉靖三十七年，师傅秦三先生亲自登门拜访何榘，告诉他一个好消息：“为师已经突破涅盘境，这就要成神啦！”何榘自然喜出望外，留师傅住在家中，打算亲自伺候师傅这最后一程。秦三先生很喜爱时年十四岁的小姑娘何如霜，见她不爱练剑，还特意传授了适合女子的“阴风索”功夫，也成了后来“鬼仙子”纵横江湖的招牌绝技。

然而蜕变成神的过程远不像之前幻想的那样灿烂辉煌，从秦三先生身上泛出尸臭气味那天开始，“尸化”就渐渐成了他们这一脉所有人的噩梦。直到有一天，何如霜向父亲告状，说“老伯伯一定不爱洗澡，身上臭臭的”，何榘不得不送师傅远离人烟，到了自己登山游玩时发现的小孤峰蛇洞之中。何如霜以后就再没见过这个臭臭的却很慈祥的“老伯伯”。

从那以后，何榘每隔数日去给师傅送些食物饮水，观察师傅身体的变化，提出些建议和帮助。但是秦三先生的情况一天天恶化下去，“臭皮囊”真的臭了，“神躯”的降临没有半点迹象。何榘忘不掉丁巳年（嘉靖三十八年）七月十五，传说百鬼出行的日子，师傅在那天走了。他身上从外到里都已开始腐烂，没有一处还能运转，躺在自己的尸水中，没了气息。

何榘仍然继续照看师傅，希望他能奇迹般白光一闪，从残躯中蜕变新生。可是直到秦三先生全身的骨架开始闪白光了，何榘盼望的神迹也未出现，只好将师傅挪到石厅角落，磕几个头，就此放弃了长生之念。