这个事情听起来有点玄乎，很难想象胚胎会在如此短的发育时间里用快进的方式迅速播放一遍远古的祖先所经历的所有往事。如果是真的的话，很难找到一种合适的机制来解释清楚这件事情。因此总给人以不太靠谱的感觉，哪怕是现代分子生物学的发展也不能把人讲得心服口服。加上当年海克尔为了使所有的胚胎发育图看起来更相似些，不惜耍了一点小聪明动了一点小手脚，却又被人给揭发了出来，给这个学说带来了沉重的打击，后来又被哈佛大学生物学家古尔德等人踹了几脚，胚胎重演论基本上是死得差不多了，虽然还没有被彻底装进棺材，但其科学性无疑受到了严重挑战。好在也没有多少人认真地要用一种动物的胚胎来研究这种动物的漫长的进化路线，不然的话，搞古生物研究的那帮老学究们就要失业了，大家全去研究动物胚胎得了。

也并不是说胚胎重演论完全没有道理，而是这种简单化的处理方法已失去了昔日的权威性，不能拿它太当回事。

但在当时，达尔文是很信服海克尔的这一学说的。他把胚胎发育的某些相似性当作是生物在进化过程中残留下来的提示信息，可以看作是物种进化的痕迹。从而坚决地证明生物是进化的。更重要的是，因为人的胚胎看起来也是一个德性，似乎可以由此证明人也是这么一步步地进化而来的，其中甚至经过了带鳃的鱼的阶段。现在已有人证明那所谓人脸上的“鳃”，不过是皮肤的皱纹罢了。

但达尔文并不了解这些，他有了胚胎重演论这一认识基础，后面的事情就不难理解了。达尔文进一步论证说：野蛮人和高级动物的智力存在很大差异，但这种差异不是本质上的差异，而只是级别上的差异。人类的感情、直觉以及一些心理活动，都没有与动物之间拉开绝对的鸿沟。我们人虽然有道德，但动物也有道德，无论从哪个方面看，我们与动物仍然是趴在一个战壕里的战友。

达尔文相信人的智力也是一点点进化而来的，甚至可以把动物按照智力高低排出一个排行榜来，一个比驴还蠢的白痴与牛顿在这个排行榜上的位置肯定有很大的距离。

那么道德的起源也就不需要上帝的启示了，原始人先进化出了基本的道德，然后才使社会性的群居生活变成一种可能。此外的关于人的素质、良心和利他主义行为，也毫不例外是选择和遗传的结果。这个问题研究起来虽然比较复杂，但还没有复杂到非得请求上帝出来发话的程度，完全可以在生物学的范围内加以彻底解决。比如说，一个人之所以帮助别人，是因为他估计到会因此而得到别人的帮助。崇高的离谱的绝对利他行为不是不可能，而是不被“自然选择”所认可。比如由于突然的变异，你变成了天字第一号绝顶大好人，你每天忙死忙活不计名利地去学习雷锋做好事，结果忙得连老婆都找不上，于是你这种超级高尚的基因就失传了，活下来的仍是那一批庸庸碌碌的偶然发发善心的凡夫俗子。

此外达尔文还相信人类的知识是可以遗传的，也就是说，如果老子学习认真水平也高，生下来的儿子就要比笨蛋们的儿子聪明一些。这其实是智力版的拉马克获得性遗传理论，这一理论现在已基本被认为是不大靠谱的，尽管仍有一批人正在为这一理论而奋斗不已。

达尔文有群体选择意识，他也在为爱国主义之类的行为寻找生物学依据，所以在他眼里，崇高的道德品质虽然可能对个人生存不利，但是如果同志们共同努力、普遍提高自己的道德水平的话，就会提升这一小撮人的整体实力，相对于其他部落很容易在打架时占有上风。基于此，遵纪守法具有爱国主义情结的人越多，大家都勇于为共同的利益而牺牲个人利益，这个国家就会越来越强盛，他们本来所作出的一点牺牲也因此而得到了回报。所以，达尔文认为，爱国主义是受到“自然选择”欢迎的一种行为。