统治阶级内部矛盾的另一方面，是一部分旧地主阶级的文人对新兴皇朝臣属关系的斗争。他们的阶级立场很坚定，认为造反的穷苦农民怎能做皇帝，对地主进行统治，因而拒绝和新朝合作。
这些文人对由红军发迹的朱皇帝，怀有深刻的憎恨。典型的例子如贵溪儒士夏伯启叔侄，斩断手指，立誓不做官，被逮捕到京师。朱元璋问他们：“昔世乱居何处？”回答说：“红寇乱时，避居于福建、江西两界间。”朱元璋大怒：“朕知伯启心怀忿怒，将以为朕取天下非其道也。”特谓伯启曰：“尔伯启言红寇乱时，意有他忿。今去指不为朕用，宜枭令籍没其家，以绝狂愚夫仿效之风。”特派人把他们押回原籍处死。1苏州人姚润、王谟也拒绝做新朝的官，都被处死刑，全家籍没。2
有的文人怕朱元璋的严刑重法，动辄挨打以至杀头，谢绝新朝的征召，实在推脱不了，勉强到了南京，还是拒绝做官。例如浙江山阴人杨维桢，号铁崖，诗名擅一时，号铁崖体。洪武二年（1369）被征，婉辞不去。三年（1370）又被地方官敦促上路，赋《老客妇谣》明志，大意说快死的老太婆不能再嫁人了，皇帝如不见谅，只好跳海自杀。朱元璋因他名望很大，不好过分勉强。维桢在南京住了几个月，便请求回家。宋濂赠诗说：“不受君王五色诏，白衣宣至白衣还。”3江阴王逢自号席帽山人，张士诚据吴，其弟士德用逢计劝士诚北降于元以拒西吴。士诚亡，逢隐居乌泾。洪武十五年（1382）以文学被征，亏得他儿子在朝廷做官，向皇帝磕头哭求，才放回去。4也有抗拒不了，被迫非做官不可的，如大名秦裕伯避乱居上海，两次被征不出，最后朱元璋写了亲笔信说：“海滨民好斗，裕伯智谋之士而居此地，坚守不起，恐有后悔！”情势严重，秦裕伯只好入朝。5
也有另外一些文人曾经做过元朝或东吴的官，坚决不做新朝官吏的。例如回族诗人丁鹤年自以家世仕元，逃避征召，晚年学佛法，到永乐时才死。6长乐陈亮自以为曾是元朝儒生，明初屡征不出，终身不仕。7山阴张宪学诗于杨维桢，仕东吴为枢密院都事，东吴亡，宪改名换姓，寄食杭州报国寺以死。8庐陵张昱在杨完者镇浙江时，做过左右司员外郎行枢密院判官，张士诚要他做官，辞谢不肯。朱元璋要他出来，一看太老了，说：“可闲矣。”放回去，自号为“可闲老人”。他小心怕事，绝口不谈时政，有一首诗说明他的处境：
洪武初年自日边，诏许还家老贫贱。池馆尽付当时人，惟存笔砚伴闲身。刘伶斗内葡萄酒，西子湖头杨柳春。见人斲轮只袖手，听人谈天只钳口。9
总之，在明初，除了一部分大地主出身的文人如刘基等人已经参加了新兴的统治集团以外，中小地主出身的文人可以分作两类：一类是倚靠新朝保护，得到了新朝统治的好处，决心和新朝合作，有官便做，甚至想尽办法钻营，要升官发财，改换门庭，光宗耀祖的。这类人占极大多数，是朱元璋统治所依靠的主要力量，各级政府官员的主要来源；另一类便是对红军抱有深刻仇恨，对新朝当然也抱着抗拒态度，不肯合作的。这一类人人数虽不甚多，但对当时的社会和政治却有相当影响。
朱元璋对付这些不肯合作的封建文人，采用严峻的刑罚，特别制定一条法律：“率土之滨，莫非王臣。寰中士大夫不为君用，是自外其教者，诛其身而没其家，不为之过。”10寰中士大夫不为君用，办法就是杀。
一部分士大夫不肯为朱元璋所用，朱元璋便用特殊法律、监狱、死刑以至抄家灭族一套武器，强迫他们出来做官。一方面一部分人不肯合作，另一方面新朝又非强迫他们出来合作不可，这样便展开了统治阶级内部另一方面的长期流血斗争。
