此外，《条例》规定“香港特别行政区、澳门特别行政区和台湾地区的教育机构与内地教育机构合作办学的，参照本条例的规定执行”[91]，因此，港澳台地区的学校（目前主要是香港）与内地学校的合作，也被视为一种特殊的合作办学。
2009年，教育部组织部分省市教育主管部门和有关专家，对中外合作办学的规模、层次等方面做了一次系统调研。结果显示，我国中外合作办学推动了教育国际交流与合作、提高了教育对外开放水平。一是创新了办学机制，推动了教育教学改革。中外合作办学引进境外办学主体，利用境外教育资源，借鉴境外教育发展经验，探索合作办学机制，推动了国内院校学科专业建设和教师培养，增强了办学活力，促进了教育教学改革。通过中外合作办学，国内院校的教育观念、课程体系、教学质量等都得到了提升。二是丰富了教育供给，满足了群众多样化的教育需求。中外合作办学目前不同程度地覆盖了义务教育之外的所有教育层次，丰富了我国教育供给的多样性。三是拓宽了人才培养途径，培养了一批专门人才。通过中外合作办学引进、新设了一批专业，加强了一些薄弱学科建设，为经济社会发展培养了一批专门人才，为缓解工商管理、公共管理、国际金融等实用人才的需求矛盾起到了积极作用。[92]
但是，中外合作办学的进一步也面临着一些问题和挑战，这主要体现在以下几个方面。
第一，要引进真正的国外优质资源。中外合作办学的一个主要目的，是要引进真正的优质资源，通过与国外学校的合作学习其先进的教育理念、管理模式和办学经验，同时通过引进国外的优势学科的课程与教学，缩小与发达国家的差距。但就目前的发展现状来看，中外合作办学虽然形式多样，项目繁多，但真正参与合作的国外一流大学为数不多。参与合作办学的国外高校虽然绝大多数来自发达国家，但大部分都是一些在本国水平一般、甚至是低档次的学校。它们的与国内高校合作办学的主要目的，也主要是扩大海外生源和收取学费。这显然与我们开展合作办学的初衷是有出入的。今后，我们应该从政策环境等方面入手，积极引入国外一流大学与国内高校的合作。
第二，中外合作办学的发展不平衡。这主要体现在两个方面。其一，从合作办学的地域分布来看，主要集中在经济文化比较发达、优质高校资源也相对比较丰富的东部省份，而经济文化相对落后、高校资源，尤其是优质高校资源比较稀缺的西部地区合作办学的规模和数量都占有很小的比重。其二，从合作办学的专业来看，主要集中在经济、管理、金融、贸易等领域[93]。这其中的一个重要原因是这些专业办学成本比较低。但是，这些专业近年来国内的招生数量已经很大，也不是我们急需与国外先进水平缩小的差距的专业。因此，今后合作办学方面应该着重解决的两个问题，一是要在政策上向西部地区倾斜，争取通过合作办学起到带动西部地区高校发展的作用；二是要在合作办学的专业方面，尽量选择对提升我们国家的科技实力具有重大意义的学科领域。
第三，合作办学的层次有待提高。目前的合作办学，无论是单独设立的高校，还是合作办学项目，都还主要集中在本科层次，研究生教育，尤其是博士等高端人才的培养基本没有，这也是今后要着力解决的问题。
第四，加强中外合作办学的质量监管工作。教学质量是学校的生命，中外合作办学也不例外。但合作办学产生发展的很长一段时间内，我们缺乏对中外办学必要的质量评估和监管体系。2009年，教育部发布了《中外合作办学评估方案（试行）》，提出要对中外合作办学的学校或项目从办学宗旨、管理体系、质量管理、师资队伍、教学设施等多个方面进行评估[94]，标志着中外合作办学的质量问题已经纳入教育行政部门评估和监管的范围。这一工作很有必要，但目前还处于起步阶段，需要在今后的实践中不断总结和完善。
