厦门大学国学院风波，就事件本身而言或许并无深刻的实质意义，但放宽眼界，此事背后则蕴含着中国政治与学术重新分化组合的重要转折。如何处理二者的关系，确是当时中国学人面对的一大难题。

五四新文化运动所提倡的新思想、新文化，在形式和内容上都是政治与学术相混合的产物。因而不同派系和观念的人物可以组合到一起。随着形势的变化和矛盾的发展，认识的歧异自然而然地变得难以协调，离异甚至分裂在所难免。

新文化运动的核心主要是北京大学的一批学者，其内部大致可分两派，一是民初尤其是蔡元培长校以来逐渐取代桐城派而兴的太炎门生，一是陈独秀、李大钊、胡适等新进。后来陈、李二人脱离北大，胡适无形中成为后一派的代表。双方对于学术和政治的看法互有异同，在面对校内外反对势力时还能一致对外，但在许多问题上不仅存在分歧，而且时有冲突，甚至各派内部（尤其是后一派）意见也不统一。由此演变而来的北京大学内部的党派纠葛，如法日派与英美派、“语丝派”与“现代评论”派、浙籍与他省等，相互缠绕，异常复杂，令不少学人将任教北大视为畏途。

在籍在系的鲁迅，只是北大的讲师，严格说来，并非北大派的正牌。不过他与陈源的冲突，确实反映了北大派内部的进一步分裂。对于鲁迅、陈源、周作人之间“深仇也似”的笔战，尽管胡适宁可相信各自动机的“正谊”，仍直言离题越来越远，是无意义的无头官司，是减损自己的光和热的自相猜疑，自相残害。他呼吁论战各方：“我们的公敌是在我们的前面；我们进步的方向是朝上走。”“不要回头睬那伤不了人的小石子，更不要回头来自相践踏。”[1]鲁迅虽然没有公开批驳胡适，对于诸如此类的论调绝对不以为然。从他对林语堂、周作人、陈源等人的尖锐抨击与讽刺，可以想见胡适的主张必然在其锋芒所向的范围之内，也是属于正人君子的假面。

历史的进程似乎印证了鲁迅的正确，换一个角度看，鲁迅的坚决和彻底在某种程度上正是中国社会矛盾和阶级冲突日益激化的反映。在此背景下，新文化派被迫离开生息已久的北京，一年后，南方原本联合北伐的革命阵营大分裂，而鲁迅的坚决对敌被视为革命者应当具有的立场和精神。不过，这几年中国社会矛盾与阶级冲突的激化，并非常态，在一定程度上迫使斗争偏离了民主革命的轨道或超越其范围，将敌我友的划分带入极限。而且鲁迅直接攻击的对象，与公认的敌人之间还存在许多曲折。其毫不留情固然体现了鲁迅的性格，但所抨击者究竟是敌或友，立场转移之间，看法就有很大的分别。应当说，与鲁迅论战的各方，总体上还是同一战壕中分离的派系，维系统一战线仍是上策，尽管社会矛盾激化的背景并不以人们的意志为转移。

披露厦门大学国学院冲突内幕较多的《两地书》出版后，朱自清读完，“觉无多意义”，“鲁骂人甚多，朱老夫子、朱山根（顾颉刚）、田千顷（陈万里）、白果皆被骂及；连伏老也不免被损了若干次”。[2]鲁迅抨击陈源，背后还有章士钊的影子，与顾颉刚势不两立，作为个人恩怨倒也情有可原，作为路线标的，则至少有扩大化之嫌。而导致扩大的原因，除了与“现代评论”派的新仇，也不免夹杂“某籍某系”的宿怨。在那样一个今是而昨非的日新月异的时代，相比于新派，太炎门生已有落伍之感，从旧营垒中杀出的鲁迅超越新派而走向更加激进，人脉联系却不免受旧的牵制，他对同籍同系的同情理解，显然较别派要宽容得多。后来他再次北上，对于包括三沈二马（除马幼渔、沈兼士外）在内的旧日同道纷纷与“现代评论”派同流合污的态度，便是失望多于谴责。而在厦大时鲁迅虽与共产党人有所接触，仍视国民党为新潮，与顾颉刚“深感到国民党是一个有主义、有组织的政党，而国民党的主义是切中于救中国的”[3]并无二致。