已经辞去官职的恽毓鼎，对于时局的关注犹在许多身居高位、大权在握的当道之上，七月十二日（9月4日），他已经开始对“四川争路风潮甚烈”感到担心，并引发其对新政改制的批评。“此策创于邮部盛大臣，曾署名负责任。今当责成盛大臣妥办，不能办，则辞职，始合建国务大臣之本意。乃似以朝廷当其冲，监国忧烦，而部臣袖手，何必多此改制耶？”江南水灾，饥民暴动，恽毓鼎觉得“天时如此，人事如此，犹复侈谈立宪，举内外政而纷更之。我瞻中原，蹙蹙靡所骋矣。中夜悲愤，不禁泪下。新学小生，以此愚监国而骗功名；监国阁臣，以此自愚而忘宗社。人心尽去，宪将谁立耶？”清廷命督办大臣端方带湖北新军两营入川弹压晓谕，恽毓鼎敏锐地意识到：“此殊非计。两营乃张彪所统军，素乏纪律。吾恐保卫则不足，启祸则有余，乱其始此矣。”[16]
武昌文武官员相率弃城逃匿、而清廷悉置不问的消息，令恽毓鼎大为痛愤，“既无法纪，何以立国？悲愤填膺，手足俱冷。祖宗三百年缔造艰难之天下，以三年而尽弃之，岂能不哭？恨不呼列祖列宗，放声痛哭”。不过恽毓鼎特立独行，所愤也与众不同，“余近日悲愤交迫，见人辄痛骂政府，以抒其忿，几成狂易。呜呼！大好江山，竟使纤儿撞坏之耶？……时政之颠倒错乱，商人亦洞见之，岂政府反不知耶？无他，徇私嗜利之心胜，遂置祖宗基业于不顾耳。”（553）在恽毓鼎看来，祸根在于新政，“三年新政，举中国二千年之旧制，列圣二百年之成法，痛与刬除，无事不纷更，无人不徇私，国脉不顾也，民力不恤也。其为害，智者知之，愚者知之，即当权之大老亦未尝不知之。所不知者，我监国及四亲贵耳（洵、涛、泽、朗）。大老知而不言，廷臣言而不听。日朘月削，日异月新，酿成土崩瓦解、众叛亲离之大局，而吾属横被其忧。念及此，不禁放声痛哭。罪魁祸首则在张之洞、张百熙之力主令学生留学东洋。”（555）
恽毓鼎对于二张，可谓深恶痛绝：“今日大局之坏，根于人心，而人心之坏，根于学术。若夫学术之坏，则张之洞、张百熙其罪魁也。二张之昧良心，何尝醉心新政，直热中耳。因热中而甘心得罪圣贤，得罪宗社，他日公道犹存，非追削官谥不可。”（562）因为南省京官争相逃遁，车站行李堆积如山，恽毓鼎平日即主张用南人十，不如用北人一，现在益信“南人之不可用也”。（555）
九月初，清廷连续出台一系列挽救局势的重大措施：下诏罪己，开放党禁，赦免戊戌变政及犯革命嫌疑诸人；亲贵不得任内阁及国务大臣；开国会，庶政公诸舆论；平抑金融物价。恽毓鼎感动不已，悲喜交集，以为“应识抒哀诏，能回悔祸天”，（556）形势或有转机。不料事与愿违，各省纷纷独立，“大江以南割据之势已成。总之，兵权一失，倒持刀柄以授人，虽有善者，亦无如之何已。中央集权，其祸如此！泽为首恶，洵、涛、朗次之，何面目以对九庙之灵乎？”（557）而且乱事初起，亲贵们率先自乱阵脚，先是从银行票号提取现银倒贴存入外国银行，从数十万至二百余万两不等，继而又到使馆街六国饭店群赁居之，每间房住十余人，每人每日收租洋9元，行李每箱一只日租3元，禁用仆婢，禁小儿夜哭。每餐仅饭一筒，盐煮白菜一器而已，甚至有宿于廊下者，饭菜粗鄙，规矩严苛，犹如模范监狱。而人尚若蚁之附膻，偷生受辱，一至于此。[17]
