对环境与疾疫间的关系，古人很早就有认识，而且形成了专门的理论，即“五方致病论”和“五运六气”致病说。[11]这些理论特别是“五运六气”论配以“五行”学说，多有玄妙之处，不过其核心思想不外乎东、西、南、北、中不同地理环境和四时气候的变化对人体疾病和疫病流行有着重要的影响。环境与疫病之间存在着非常密切的关系，是毋庸置疑的。现代科学已经证明，生态环境影响疫病流行的因素很多，但以气候和地理因素的作用最为突出。[12]具体到江南，当地温暖湿润的气候，总体上也比较有利于众多致病微生物特别是肠道传染病菌的生存繁殖。这种一般性的说明，在众多的医学和传染病学著作中均不难看到，现在需要进一步考察的，是江南的环境以及环境的变化对瘟疫爆发、流行有着怎样的具体影响。
（一）江南的环境与瘟疫
气候的异常往往导致灾荒，因此它与瘟疫的关系十分明显，对此，在灾荒因素中已做分析，于此不论。这里来看看气温异常，但未出现明显水、旱、风、潮、虫、震等灾荒之情况与瘟疫的关系。根据竺可桢先生等人的研究，17世纪20年代至18世纪20年代、19世纪40年代至90年代是清代历史上的两个寒冷期。[13]前一个时期，大致相当于康顺时期，后一个时期与我们所谓的第四个时期有着较大的一致性，从瘟疫统计的情况看，这两个时期的瘟疫发生次数在总体变化序列中没有什么特别之处，也就是说，这两个时期严寒的气候对瘟疫的发生没有直接必然的影响。另外，据对宝山、南汇、高淳、萧山和昌化五县县志“祥异志”的统计，这五县在清代共出现气温异常现象57县次，而只有三县次的瘟疫与此有关，而且还不是单独相关，与此相关的还有其他灾害因素。[14]可见，这两者直接的关系并不明显。
江南温暖湿润的气候，密布的水网，以及当地人长期以来养成的某些生活和用水习惯，非常有利于瘟疫的滋生流行。江南以“水乡泽国”著称于世，河网湖**星罗棋布，对于江南民众来说，水不仅赐予了他们丰富的物产，还极大地便利了其日常出行，实在无异于衣食父母。不过水也像一把双刃剑，在给人们带来好处的同时，也给人们带来了灾难。密布而四通八达的水网既给予了人们出行的便利，也为疫病传播提供了方便。这种方便主要体现在以下三个方面：
（1）不少病菌在水中相对容易存活，比如霍乱弧菌在河水中可活2周，是在蔬菜和水果上存活期的3倍至5倍。[15]丰富的水源自然就为病菌提供了优越的生存环境。
（2）相互流通的水流也为病原的四处流传提供了可能。
乙亥夏五月，余移卧榻于容膝轩，不数夕有蚊自帐隙入者，驱之不去，明日复然，余甚苦之。乃褰其帐使起，果大集，隆隆若雷之起于枕上也。任之，则腹彭亨矣，不能动，得百有五。噫，计一室之蚊不下千万焉。[17]
士人家中尚且如此，一般民众的情形就不难想见了。蚊子是传播疟原虫的元凶，当时夏秋时节疟疾的盛行，显然与蚊子的猖獗有关。而苍蝇是肠道传染病比较重要的传播媒介，苍蝇的众多，无疑会使当地肠道传染病菌的蔓延如虎添翼。我们知道，江南的民居一般是猪圈和厕所连在一起，而厨房又常常紧邻猪圈和厕所，这就更为苍蝇传播病菌提供了便利。清代江南的瘟疫多发于夏秋两季，以霍乱、伤寒、痢疾等肠道传染病为主，而水传播和虫媒传播是肠道传染病的主要传播途径。这充分体现出了江南瘟疫的环境特色。
（二）环境变化与瘟疫流行
清代江南环境的变化也对疫病流行产生了重要影响。从总体上说，清代可能是历代王朝中环境变化最大的一个时期。这种变化主要表现在：第一，巨大的人口压力所导致的对山林的滥垦；第二，在人口密集之地过量的生活垃圾和手工业、工业废物对环境的污染。
