上述理性主义与非理性主义思潮相互碰撞与交融的演变史表明，正如“信仰时代要接受理性的审判”，“理性时代同样要接受情感的审判”，比如，马克思同情无产阶级创造了资本主义的繁荣却无权收获而受尽苦难、克尔凯郭尔提醒人们注意个人的痛苦与孤独、弗洛伊德指出人们被迫放弃满足本能的痛苦等，这些都包含了理性时代杰出思想先驱们对人类社会及其传统大学完全追求纯理性、为知识而知识的批判与指控，甚至一度促使人们企图用“存在主义大学”[1]或“反主流文化”（counterculture）倡导者所宣称的“自由矛盾的非大学”（nonuniversity）来取代传统的理性主义大学，因为在这种类型的大学里，“学生不受传统的刻板的学术要求的束缚，可以自由地去绘画、录音、写作、即席表演，可以学习非西方的、非理性主义的文化，学生自己决定什么时候离开这种院校，离开的时候发一个听课证书，然后可以继续学习比较系统的课程，或者参加工作”[2]。与此相反，传统的大学则被假定为，不管其合法存在的根据是基于政治论的还是基于认识论的，都由于其探寻高深学问的目标而完全信奉理性主义，把自身局限于理性观念的范围之内，并反对通过感觉、心灵或精神去探讨真理的非理性方法，更“可悲的是，高等教育不仅不能阻止它的学生被套上理性主义的枷锁，而且还在尽力使这些枷锁更舒适”[3]。然而，正是上述那些来自“反主流文化”者的评论与争议，让大学内外的人们关注到了那些被理性时代所完全压制的类似于人类情感呼喊的声音，尽管目前仍然不能对这种高等教育哲学的历史走向做出最终的裁决与定论。
按照高等教育发展史的研究，大学在原初的意义上乃是人文精神的制度化和人文主义的机构，是人文主义的一种体现，无论是古代中国还是古希腊，其人文主义渊源体现为高等教育是一种自由的甚至是自然的状态中进行的，教学方式以问答和讨论为主，而教学组织则是一种自由加入的团体，对学生来说尤其如此；游学这种当时艰辛、今天看起来浪漫的方式就是那种自由学习的最生动的写照，因材施教的原则只有在师生之间可以直接讨论的教学相长的环境中才会产生。然而，“早期的高等教育和大学毫无疑问还有理性主义的根源，学术、知识和道德规范在人类早期的理解当中，都包含着形而上学的东西、某种普遍而必然的法则。因而，在这里，人文主义与理性主义就是共生共存的东西，即人类自由发展的精神和求知欲导致某种普遍的东西和形而上学的东西的发展”[4]。随后，这种普遍的、形而上学的东西由于迎合了人们的需要或经得起理智的批判，被采用以规范社会和个人，这就对大学提出了新的要求。这种要求事实上已经对大学的人文主义精神产生了反作用，并且当大学发展越来越正规和制度化之后，这种反作用就越来越大。形而上学的追求如果限制在一个封闭的思路内就会成为独断的教条，某种知识或道德戒条就会被指定为最终的真理，从而反过来限制人的自由发展，包括自由的学术研究、自由的思想，以及对道德规范的反思和批评。大学在逐渐演变为制度性的机构之后，就会由求知的自由乐园而固化成为培养与训练千篇一律的人员的“模具”，甚至发展成为现代官僚体制下新型的“铁笼”。这说明，绝对的理性主义或科学主义可能会严重束缚大学的人文精神与浪漫情感，即如果指定以任何具体的僵化的教条作为大学的最高原则和最终目标，且由于“现实机会主义者”价值判断的不一致，就显然会以自己内心中“应然的大学”取代现实生活中“实然的大学”，大学就会因此失去其赖以存在和发展的现实土壤与动力机制；如果真能做到“像哲人一样思考，像诗人一样栖居”，显然是大学及其学者理想的生命状况和最佳的选择。