1992年，中共十四大确定我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制。随着经济体制、政治体制和科技体制改革的深化，我国原有的与计划经济体制相适应的高等教育宏观管理体制也暴露出一些弊端，主要表现在：高等学校隶属关系复杂，管理上“条块分割”现象严重，不利于统一管理；中央与地方教育行政部门之间、各级教育主管部门与高等学校之间职权、责任不清；政府对高等学校包得过多、统得过死，高等学校缺乏必要的办学自主权。在这种形势下，高等教育宏观管理体制必须进行改革，逐步建立起与社会主义市场经济体制、政治体制和科技体制相适应的高等教育管理体制。
（一）以适应经济体制转型为基础的高等教育管理体制改革
从1992年到1997年，我国高等教育管理体制改革的重心在于突破适应计划经济体制的高等教育管理体制的障碍，探索适应社会主义市场经济体制的高等教育管理体制。
1993年1月，国务院批转《国家教委关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，指出：“高等教育管理体制和改革方向是，逐步实行中央与省（自治区、直辖市）两级管理、两级负责为主的管理体制。”[15]为此，文件要求改革原有的由国家包办高等教育的单一体制和模式，探索适应社会主义市场经济体制、调动社会办学积极性、多种形式和途径发展高等教育的新路子；进一步改革原有的国家集中计划和政府直接管理的办学体制，逐步建立和完善国家统筹规划和宏观管理、学校面向社会自主办学的新体制；改革高等教育投资体制，逐步建立财政拨款为主、多渠道筹措经费的投资体制；进一步改革招生计划体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合；进一步改革高等学校毕业生“包当干部”和由国家“统包统分”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数毕业生自主择业的就业制度。
1993年2月，中共中央、国务院印发了《中国教育改革和发展纲要》，要求深化高等教育体制改革，主要是理顺政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的新体制。主要改革措施包括：第一，改革办学体制，改变政府包揽办学的格局，逐步建立以政府办学为主体、社会各界共同办学的体制。第二，在政府与学校的关系上，要按照政事分开的原则，通过立法，明确高等学校的权利和义务，使高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体；政府要转变职能，由对学校的直接行政管理转变为运用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。第三，在中央与地方的关系上，进一步确立中央与省（自治区、直辖市）分级管理、分级负责的教育管理体制。中央直接管理一部分关系国家经济、社会发展全局并在高等教育中起示范作用的骨干学校和少数行业性强、地方不便管理的学校。在中央大政方针和宏观规划指导下，对地方举办的高等教育机构的领导和管理，责任和权力都交给省（自治区、直辖市）。第四，在国家教委与中央业务部门的关系上，国家教委负责统筹规划、政策指导、组织协调、监督检查、提供服务。中央业务部门要加强对本行业的人才预测和规划，协助国家教委指导本行业的人才培养工作，负责管理其所属学校。第五，改革高等学校的招生和毕业生就业制度。改变全部按国家统一计划招生的体制，实行国家任务计划和调节性计划相结合。改革学生上大学由国家包下来的做法，逐步实行收费制度；改革高等毕业生“统包统分”和“包当干部”的就业制度，实行少数毕业生由国家安排就业，多数由学生“自主择业”的就业制度。第六，改革对高等学校的财政拨款机制，充分发挥拨款手段的宏观调控作用。[16]
