怀塔布等人的哭诉引起了皇太后的不安，所以当她见到皇儿稍事寒暄后，就开始讨论这些事情。皇太后承认怀塔布之类满洲贵族政客确为“老谬昏庸之大臣”，但出于政治考量，她劝告皇帝在人事处理上不可操之过急，不要将此辈老臣轻易罢黜，不要将那些年轻汉臣提拔到高层，更不能改变大清既成体制，由这些所谓“通达英勇之人”去议政。皇太后担心，如果一味在人事进行变动，那么极有可能因此而失去人心，特别是失去满洲贵族信任。果如此，满洲贵族所组成的“寡头政治集团”就不可能对现有皇权中心继续支持。
对于皇太后的指责与劝诫，光绪帝有些能接受，有些不免有解释与辩白。他的这些解释与辩白不仅不能说服皇太后，反而激起皇太后愤怒。这正好验证了几天来怀塔布等人在她面前的那些离间。于是皇太后毫不客气批评光绪帝：“小子为左右荧惑，使祖宗之法自汝坏之，如祖宗何？”
皇太后的愤怒勾起了光绪帝满腹委屈，他边哭边说：“时事至此，敌骄民困，不可不更张以救，祖宗在亦必自变法。臣宁变祖宗之法，不忍弃祖宗之民、失祖宗之地，为天下后人笑，而负祖宗及太后之付托也。”
密诏诞生记
两宫9月14日言语冲突仅在政策层面，不会因此影响母子感情。光绪帝虽然当面辩解、顶撞，但回到寓所就有所反省。他虽然对皇太后的误解感到委屈，但他依然认为皇太后是大清的靠山，是王朝政治的最后把握者，他期待有重臣能从中斡旋，期待皇太后在明了真相后给予谅解。他曾设想请满洲贵族最有权势的重臣出面协调，向皇太后解释他之所以如此不顾后果推动新政的苦衷。可惜的是，满洲贵族最具权势的恭亲王奕?已去世，而庆亲王奕助已与皇太后疏远，端王载漪等王公大臣对新政多有不同看法，指望他们进行解释只能越描越黑。至上的皇帝成了孤家寡人。无奈中只好求助颇通世故人情的杨锐，希望杨锐能为他出个主意。
光绪帝之所以看重杨锐，主要是因为杨锐在新任军机章京中最为持重与稳健，而且具有张之洞的背景，是张之洞重要亲信之一。而张之洞是皇太后最信赖、倚重的汉臣。所以，当光绪帝考虑寻找满洲贵族重臣出面协调与皇太后关系无法实现时，他想找杨锐谈谈，这其中未尝不具有请张之洞出面的意思。
杨锐与皇帝见面细节已不可能复原了，时间应在两宫言语冲突第二天。当皇帝将自己的意思、心情描述出来，请杨锐出主意想办法，不料却遭到杨锐断然拒绝。杨锐告诉皇帝：“此陛下家事，当与大臣谋之。臣人微言轻，徒取罪戾，无益也。”持重的杨锐知道大清王朝历来规矩，他不愿因此而介入清政府内部纠纷。他觉得凭借皇帝自己努力，按大清成例，由满洲贵族内部协调，应该不难化解两宫心结。
杨锐的拒绝主要基于对旧体制的恐惧，清政府旧例严格禁止官员议论、介入皇族内部纠纷，特别是汉臣更无权干预皇族事务。这是体制使然。或许为了克服杨锐这一恐惧心理，光绪帝特别向杨锐下了一道密诏，以便杨锐将来不幸因此获罪时能得到解脱。这应该是光绪帝9月15日密诏的背景与原因，否则他们既然当面谈过，何须密诏？
这份密诏在当时并不为人所知。可以肯定地说，林旭、康有为、梁启超等都没有看到这份密诏原件。政变后，康有为、梁启超等转述这份密诏文字之所以不同，并不是康有为等有意窜改，而是他们确实没有看到过这份密诏原件，只是听杨锐转述而已。这份密诏只是光绪帝留给杨锐的一个凭据，只是为了以防万一。密诏原文如次：
