平夏城之战后，章惇没有被眼前的胜利冲昏头脑，而是重拾范仲淹“浅攻进筑”的策略，一步步压缩党项人的生存空间，宋灭西夏指日可待。
但就在这个节骨眼上，他的靠山，才刚过二十四岁的哲宗皇帝驾崩了。
元符三年（1100），宋哲宗龙驭上宾，没有子嗣，朝政由神宗之妻向太后把持。
向太后向群臣哭诉：“国家不幸，大行皇帝无嗣，事须先定。”
章惇道：“论礼法，应当立简王。”
向太后脸色变了，因为简王的母亲朱太妃还活着，如果简王即位的话，在内廷中该置她于何地？
于是她硬着头皮说：“诸王都是神宗的庶子，没必要如此分别。”
章惇这时也反应了过来，就说：“那论长，申王佖当立。”
向太后说：“申王有眼疾，依次应立端王佶。”
章惇立刻瞪大眼睛，说出了那句石破天惊的神预言：
“端王轻佻，不可以君天下。”
就在这时，向来和章惇不对付的曾布站出来搅局。
曾布支持立端王佶，而向太后也说“先帝尝言端王有福寿，且仁孝”，这下章惇只能是沉默。于是众人论定，召端王入宫，在柩前即位，是为宋徽宗。
宋徽宗继位后，起用的宰相既有新党的曾布，也有旧党的韩忠彦，目的是想折中一下，新旧两党咱们都用，但唯独章惇的那句“端王轻佻，不可以君天下”算是把徽宗皇帝得罪死了，所以摆在他面前的下场只能是贬谪。
章惇先被贬潭州，又再贬雷州，当初他怎么对待旧党人士，现在别人就怎么对待他。而相比他的倒霉运，苏家兄弟却是逐步起复，更有传言说，苏轼即将回京拜相了。
他的儿子章援是苏轼的学生，闻言到常州截苏轼，去求情。章惇本以为那人会仇恨自己这六年来的所作所为，但得到的答案，却是他和自己相交四十年，中间虽有误会，但友谊不变，并撰写了一味养生药方，千里迢迢寄送给了自己。
其实，苏轼不知道的是，就在他给章惇写那封信的时候，被贬海康的章惇正路过小贵州南山寺。
在寺庙内，有一位老僧，是四川眉山人。
据说，老僧是为了渡海到儋州去见苏轼一面的，只是没想到苏轼被赦北归了，他扑了个空，又在回程途中患病，暂歇在了寺庙中。
章惇和老僧在山中对饮，他依旧不改狠人本色，蒸了一条蛇劝老僧吃，而老僧也不愧是得道高人，举起筷子就吃，脸色都没有变。
章惇说：“子奉佛戒，乃食蒸蛇，何哉？”
老僧说：“相公爱人以德，何必见诮。”
章惇明明对苏轼恨之欲其死，但却又忍不住靠近和苏轼有关的人和事，可能他对那人的感情就是这样，明明恨他恨得要死，却又不想让他死，甚至在必要时可以代替他去死。
章惇和老僧你斟我饮，相对无言，他自然知道老僧那句“爱人以德”是苏轼说过的名句，目的在于讽刺他，但他并没有解释，也不想解释。
后来苏轼的那封书信还是被章惇收到了，看着那人并没有任何责怪他的言语，反而在文字中处处包裹着关心，章惇终于后悔了。
可他已经再也无法当面表达这份迟到了六年的歉意，因为就在当年七月，苏轼病逝在了常州。
据说，章惇到了雷州后，因为是犯官，住不了馆舍，就想买个房屋住。可没想到，当地百姓不肯卖给他房子，只因为当年章惇为了整苏家兄弟，专门派监察官严打照顾苏家兄弟的人。
有当地父老说：“以前苏公到这儿来，我们租给了他民屋，章丞相差点儿让我们家破人亡，这回说什么我们也不卖了。”
或许有的时候，真的只有百姓才可以公正地评价一个人。一直以来，章惇都觉得自己要比苏轼强，不论是过潭还是驱虎，为官还是处世，所以他觉得自己要保护好有点软弱的他，哪怕后来分道扬镳了，他还是认为自己的功绩不是那个人可以相比的。
可现实却是，那个人走到哪里，都有百姓夹道欢迎，视其为亲人。而自以为有那么多政绩的他，每到一处却都像是过街老鼠一般，人人喊打。他曾经所有的坚持和骄傲，都在那个仙游潭前的熟悉身影上败下阵来。
苏轼死后第四年，章惇也在湖州病逝。
