崇祯皇帝为了确保和谈顺利进行，不惜把无辜的内阁大学士谢升免职，以摆脱言官的纠结。在言官把矛盾集中在陈新甲身上时，他又以言官所言，是毫无证据的望风扑影之谈为由，不予理睬。
以前，很多人对兵部遣使赴沈议和，都是半信半疑。现在，兵部把和谈之事，以塘报的形式公之于众，可以说证据确凿，毋庸置疑。于是，言官们再次将攻击焦点集中在陈新甲身上。
兵科给事中方士亮第一个站出来，要求崇祯皇帝严惩议和派头子陈新甲。他毫不客气地质问：“以前，各地都有塘报询问陈新甲私下和谈之事是否属实，皇上和陈新甲矢口否认，并以政府名义予以澄清，以公文的形式下发各部。现在塘报上突然冒出如此详细的和谈过程，难道还是假的吗？作为一国之兵部，如此出而反尔，迷惑人心，扰乱视听，其目的何在？如果和谈属实，就是陈新甲勾结外藩，丧权如国，必须予以严惩！”
有人带头，自然有人跟风。一时间，朝廷上下闹得沸沸扬扬。给事中廖国遴、杨枝起、光时享、倪仁祯联名要求，必须杀掉陈新甲，以泄民愤。
崇祯皇帝做梦也没有想到，陈新甲竟然如此马虎大意，把绝密级文件当作普通塘报四处转发，闹得天怒人怨，鸡犬不宁。现在可倒好，满城皆议和谈事，不杀司马天不容。司马，就是兵部尚书的别称。
事情闹到如此地步，无法收场。崇祯皇帝恼羞成怒，把陈新甲叫来，让他对这件愚蠢至极的事，给出合理解释。
这几天，陈新甲头大如斗，即使把那个有头无脑、有眼无珠的秘书扒皮抽筋，也难解他心头之恨。做出的事，如泼出的水，他恨也好，怒也罢，一切已成事实。他只有把心一横，摆出死猪不怕开水烫的架势。议和，是经过崇祯皇帝批准的，不是他个人擅自行为。下属执行一把手的任务，何错之有？想到这里，陈新甲还坦然、淡定了。
陈新甲见崇祯皇帝这么问，就把责任全部推到他的秘书身上，并强调说，他已经将秘书秘密处死。
崇祯皇帝心虚，也不好理直气壮地责备陈新甲，就绕弯子说：“现在不是追究谁是谁非的时候，当务之急，就是想办法摆平那群吃饱撑得没事干的言官，转移众怒，宁事息人。”
崇祯皇帝这样说，就是在暗示陈新甲，希望他把议和之事，说成是他的个人行为，并承担全部责任，崇祯皇帝装作不知情。这样，话好说，事好办，崇祯皇帝可以巧妙地与言官周旋，在他们接受和谈之后，再把陈新甲由罪臣变成功臣。
陈新甲回家之后，反复考虑崇祯皇帝的话，也琢磨出他话里话外的意思。这个主意确实不错，但是陈新甲对朱由检这个人不放心。这个年轻人，说话办事不靠谱，当面做人背后做鬼，翻脸比翻书还快，杀人比杀鸡简单。
陈新甲心想，如果他按着崇祯皇帝的暗示，承担和谈的全部责任，背整口大黑锅，主动把自己说成遗臭千古的卖国贼，万恶不赦的民族罪人，崇祯皇帝二话不说，把自己推出午门凌迟活剐车裂，自己不是比窦娥还冤吗？
官场险恶，做人不能太被动。在涉及生死的问题上，谁也不能信，皇帝更不能信。
陈新甲思来想去，想出一个自认为最保险的办法——拒绝认罪，实话实说，将和谈真相公之于众。在和谈问题上，他和皇帝是一丘之貉，或者是狼狈为奸。反正他是执行皇帝的命令，如果执行命令还要死，那是他的命。他就不信，朱由检在群臣了解和谈真相之后，还能敢杀他。
皇帝若敢不要脸，他只能不要命。
于是，陈新甲提笔写下洋洋千言的申辩书。在申辩书中，他详细陈述了和谈的始末，并多处标注崇祯皇帝的指示。他这样做，就是向朱由检和那些不明真相的朝臣说明，和谈，不是他自作主张的个人行为，而是经崇祯皇帝批准并执行的政府公务。
在申辩书的最后，陈新甲强调说：在和谈过程中，他出色地完成了领导交办的任务，并达到两国罢兵、休战养民的目的，为明政府集中兵力镇压国内流民做出了巨大贡献。因此，他在和谈问题上，不但无罪，反而有功。
