这原因之一，便是证据难寻。要知那日本鬼子极端狡猾，眼见德国人投降时忘记销毁文件，落入盟国手中，到法庭审判时，人证物证俱全，罪犯们有口难辩，无法抵赖罪责。到日本投降时，小鬼子就学乖了。美国占领军是天皇宣布投降两周后才进驻日本的，在这个间隙，东京各政府大厦顶上整天浓烟滚滚，无计其数的绝密文件几乎全部烧毁殆尽。那些凡能暴露日本帝国首脑们破坏和平、违反人道、践踏战争法规和惯例的滔天罪行的文件，差不多都被销毁了。
不仅首都在销毁秘密文件，而且在外地，凡是有日本海陆空军兵团与部队司令部的地方都在干销毁罪证的勾当。各战俘营、监狱、省府、警察厅、宪兵厅都把秘密文件烧毁了。当占领军方面询问为何这般岂不及待烧毁文件时，被告人和证人都异口同声地咬定，政府根本没指示过要销毁文件。那检察局侦察科长萨盖特，在美联邦调查局工作多年，经验丰富，心思机敏，对这些表现谦恭，骨子里却死硬顽固的日本人却是一点办法都没有，气得他开口闭口都离不开"小鬼子"一词。
但同盟国的检察官们也不是吃干饭的。他们各显示神通，东翻西找，还是找出很多未来得及或忘记销毁的重要文件。还有，战争期间和战争前夕同盟国的谍报机关也并未打盹，很多具有重要国家意义之绝密文件的照相复制本，此刻亦转给公诉方。日本人最没想到的是，还有他们公开发行的东西也帮了倒忙，那上头记载着日本要人的大量好战言论，公诉方将之节录下来，便成了不容反驳之证据。加之检察局又巧妙地利用了日本内部的派系之争，挖出很多证人。
语言不通也是一大障碍。想日本当时尚不甚发达，日语和汉语有点相象，却和西洋文字相去甚远，外国人望而生畏，知之者甚少，因此检察局中精通日语的法律工作者甚少，询问起证人来，哪像纽伦堡审判来得那般痛快。那些法律专家虽精通本行，出口成章，但不论是询问过程中还是审判过程中，时常被日本人的话弄得稀里糊涂。
基南来日本时，就立志"制服海盗"，虽然举步维艰，却未有丝毫后退之心。他把现已逮捕的一百多名战犯嫌疑者分成七个小组，责令法官尽快调查其犯罪事实。另一方面侦察科动用联邦调查局灵活机智的手段，搜集证据，寻找日本的重要证人和"合作者"。
事在人为，检察局终于取得了较大进展。１９４６年１月起，检察活动步入正轨，其标志便是盟军最高统帅麦克阿瑟庄严向世界宣布，远东国际军事法庭从１９４６年１月９日正式成立，并公布了法庭宪章，从此拉开了东京审判的序幕。
宪章是参照《欧洲国际军事法庭宪章》而拟定的，内容自然大同小异。宪章共五章十七条，规定了法庭的任务、组成、管辖权、诉讼程序等事宜。
宪章的第二条对东京法庭的人员组成作了规定，乃是由盟军最高统帅从日本投降书签署国及印度、菲律宾提出的人员中任命六名以上、十一名以下之法官组成。这便使麦克阿瑟有权挑选自己信任者任职，把审判之大权牢牢控制在自己手中。这和纽伦堡法庭平等选举和举手表决的形式大不相同。
１９４６年２月１８日，麦克阿瑟宣布了法官任命名单，澳大利亚的著名法官，亲美人士韦伯大法官出任庭长，其余十名便由那些受降国各出一名，中国方面的就是前文所说的梅汝-法官。
根据同盟国商量结果，东京审判也将和纽伦堡审判一样，只审理和惩办主要的甲级战犯，其他较次要战犯则由被侵略国设法庭审理和处置。
根据《宪章》规定，法庭有权审理三种犯罪：
（甲）破坏和平罪：指策划、准备、发动或执行一种经宣战不经宣战之侵略战争，或违反国际法、条约、协定或保证之战争，或参与上述任何罪行之共同计划或阴谋。
（乙）战争犯罪：指违反战争法规及战争惯例之犯罪行为。