同治元年，铎先至滇，奏邓尔恒狱正犯何有保已毙，之铭土使无实迹，候亮基来再会同查办。又以马如龙可用，澄江知府岑毓英有将材，皆为之铭所识拔，密陈之铭尚能抚回。朝命改亮基署贵州巡抚，以羁縻之铭。未几，之铭文檄杜文秀之叛党马荣署武定营参将。二年正月，荣忽率二千人至省，驻五华书院。铎令迁出，不应。自往谕遣，被杀，并杀府县各宫，纵兵大掠。时毓英代理藩司，独守藩署拒战。马如龙来援，荣乃率众携所掠去。回众戕总督，已拥其掌教马德新为总督。之铭故事德新，以联络回众。及是，如龙逐德新，取总督关防授之铭，之铭遂以巡抚让如龙，如龙不受，遂令署提督，一切拱手听命。是时云南如化外，之铭疏但报杜文秀勾匪犯省被却退而已。论者谓之铭与乱谋。朝命褫职，以劳崇光为督，贾洪诏为抚。皆不能至。数年无督抚，兵事由岑毓英、马如龙为主，而毓英乃卒成平乱之功焉。之铭未就逮旋死，死时尚保毓英、如龙。滇事所赖，其言亦验。后虽有言之铭罪者，朝廷亦不究。
毓英，广西西林州附生，咸丰初办团保县丞。六年，带勇入云南，投效迤西军营，转战至迤东。九年，有克宜良县功，即署县事。十年，有偕参将克路南州功，即署州事。方报丁忧，以之铭奏不令解署任。十二月，兼署澄江府事。十一年正月，剿毁澄垒。时马如龙尚为迤东叛回酋帅，毓英屡破其众。杜文秀僭号大理，授如龙职，不受，遂有隙。如龙自据近省诸州县入寇，势骎盛。迤西杜酋复陷楚雄、广通、禄丰诸城，亦逼首垣。之铭主抚迤东回，其酋如龙亦自陈为殉难九江镇总兵马济美之侄，三世效忠，愿反正。毓英奉檄往谕，如龙听命，献所据八城，之铭即奏毓英暂代藩司，如龙径令署临元镇总兵，留省襄解抚事。朝廷以为投诚叛酋，遽擅授镇将，谕张亮基、潘铎查办。嗣纳骆秉章言，暂置不问，以羁縻之，遂授如龙鹤丽镇总兵。如龙旋出剿临安回。二年正月，马荣之变，毓英串所部粤勇千余人，与弟毓祥、毓宝、毓琦死守藩署，密驰书如龙，以大义趣赴援，乃夹击歼贼。时滇民健者，杨玉科、李维述，皆从毓英，以战回为乐。盖滇事起于汉回相仇，误在大吏怵于回强，务抑汉人以媚，汉人无所凭借。
唯毓英以粤勇来，久战有功，汉人有材力者附之，毓英之军益盛。如龙则拥回众为一军。文秀贻书掌教马德新，斥如龙自殊同教。如龙亦驰书迤西，数文秀狂悖，德新不明大义，劝回众勿为所惑。德新入省申割地媾和议，如龙力止之。毓英方进兵迤西，屡复城邑，而迤东回马荣、马联升等复陷曲靖各邑。毓英回救，所复地复尽失。毓英与如龙分下寻甸、沾益诸城，尽擒马荣、马进才、马联升诸酋，剖荣尸祭潘铎。四年，迤东平，如龙加提督衔，赏效勇巴图鲁号；毓英加布政使衔，赏勉勇巴图鲁号。五年，毓英署布政使，劳崇光方入省就督任，乃命如龙主迤西军事，图大理；毓英出省剿贵州猪拱箐苗，清后路。猪拱箐隶大定府之毕节县，毗连云南昭通之镇雄、四川之叙永厅，险隘，为三省要害。楚军刘岳昭、席宝田用兵贵州，久未竞功，朝廷方拟以主军。同治四年，授岳昭云南布政使，以援贵州，未赴。五年正月复擢云南巡抚。川、黔大吏争留岳昭蒇黔事乃行。劳崇光乃檄毓英由滇入剿，毓英约百二十日，以滇军独任猪拱箐事，如期克之，仅逾四日，时在六年六月。七月，又攻克海马姑。