君臣互信的第一个触发点，应该说是索额图在三藩问题上没有与康熙保持一致态度。康熙曾不止一次说：“朕自少时以三藩势焰日炽，不可不撤。”“朕以三藩俱握兵柄，恐日久滋蔓，酿成不测，故决意回。”为了表明解决三藩问题的决心，年少的康熙将三藩及河务、漕运三大事书写在宫中石柱上，以为自励。索额图作为康熙近臣，又是其多年的追随者，对皇帝心迹当了如指掌。但康熙十二年（1673年），皇帝借尚可喜因年老请求归置辽东之际下决心撤藩之时，索额图却表示反对。在廷议中，兵部尚书明珠以及户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等都赞成康熙的态度，请求撤藩，但索额图却站出来反对说，吴三桂、耿精忠上书请撤藩，是试探皇帝旨意，并非真心实意想撤。当前情势下，撤藩势必引发激变，索额图大声疾呼：“请诛倡盲诸臣，以谢三桂。”

这是历史的激变时刻。在三藩问题上，朝廷中有些人吓得惊慌失措。所谓“诸臣中有一闻变，便遣妻子回原籍者”，但究其实，这是索额图和明珠的仕途对决。明珠和索额图一样，也是康熙朝最重要的大臣之一。他在顺治时初任侍卫，康熙三年（1664年）升为内务府总管大臣，“掌内务政令，供御诸职，靡所不综”，成为宫廷事务的最高长官。康熙五年（1666年），任内弘文院学士，参与国政。康熙七年（1668年），任刑部尚书。康熙九年（1670年），改任都察院左都御史。康熙十年（1671年），调为兵部尚书。应该说和索额图一样，明珠也仕途顺利。两人走到康熙十二年（1673年）的时间节点上，谁若想再进一层，只能押宝在三藩问题上。

但索额图到底不明白，他一开始就输了。撤三藩其实不是朝廷的能力问题，而是做臣子的态度问题。因为撤三藩若引发战争，朝廷胜了，索额图没有半点好处；朝廷若败了，康熙也不会惩罚明珠等人，否则就是打自己的嘴巴了。所以在这个问题上能不能与上层保持一致，是索额图能否在仕途上继续走下去的关键。尽管他大声疾呼要“请诛倡盲诸臣”，康熙却还是态度坚决：“欲迁徙吴三桂者朕之意也，他人何涉？”《康熙起居注》随后记载说，索额图闻此言，“甚惧而退”。

康熙执意撤藩后，吴三桂、耿精忠等三藩一如索额图所料相继叛乱了，天下形势岌岌可危。好在康熙有惊无险地平定三藩之乱，随后他意味深长地说：“吴逆倡乱，有谓撤藩所致，请诛建议之人者，朕若从之，皆含冤泉壤矣。”这话其实是在敲打索额图，君臣互信问题毫无疑问已经浮出水面。

接下来，朋党之争让起兴年代的帝国再陷困境。朋党之争在索额图和明珠之间展开。明珠因主张撤藩有功，康熙十六年（1677年），授武英殿大学士，入阁办事。明珠其时是皇长子胤褆的舅舅，便在幕后帮助胤褆拉拢大学士余国柱等重臣，从而成为“长子党”的核心人物。而孝诚仁皇后在康熙十三年（1674年）生太子胤礽，索额图由此成为太子外叔祖父，他与明珠两人同为皇亲国戚，同柄朝政，各结党羽，从而给康熙增添新的烦恼。康熙十六年（1677年），康熙在乾清门召见索额图，对他意味深长道：“人臣服官，惟当一意奉公。如若分立门户，私植党羽，始则蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。”这是严重的口头警告了。对于这样的口头警告，索额图其实是存侥幸心理的。毕竟他是太子外叔祖父，皇帝要动他，有投鼠忌器的心理在。