针对这种混乱局面，阎锡山认为“此等乱兵，声势汹涌，出为弹压，必敢抗拒，须以重兵攻击，庶不难于扑灭”。因此，他于10月30日当夜，委派马开菘（一说张培颖，一说温寿泉），负责维护太原城秩序，黎明时分，派出的武装部队背着大令箭在街上巡逻，并授权给他们，可以就地处决抢劫犯。八十六标一个司务长周尧宽，此人身体魁梧，气力很大，诨号大将军。他在巡逻时，曾用枪刺把一个抢劫犯挑起来再向下戳死在地上，一共处决了十几个人。同时，派出军警巡守城门，阻止那些带衣物的人出城。阎锡山在派出重兵弹压后，即与张树帜亲往外国医院，恐外人遇害，曾想把他们转移到咨议局加以保护。行至途中，二营管带张瑜、二营右队司务长周尧宽率两棚士兵，尾随阎锡山护卫。当他到了医院与苏教士见面后，问苏教士害怕不害怕，如果害怕就请到咨议局暂住。而苏教士说：民军不与我辈为难，若土匪则易于抵制，以不去为辞。从医院出来后，阎锡山等沿街巡查，“见抢掠者即杀之”。其后又回到咨议局，想与杜上化商拟维持街面办法，杜上化外出，“张树帜与陈子达、常裕到各学堂请学生站岗弹压。时已上午九时，市面抢者敛迹”。至10月31日天曙，“共计杀伤二百余人”。

在镇压抢劫，维护省城秩序的过程中，太原的学生曾发挥了重要作用。据当时的目击者张晟回忆“在混乱中，农林学堂的学生派出代表二人赴军政府请愿，找见赵戴文、孟步云、徐一清等，提出召集各校师生协助制止焚抢的办法，军政府接受了这个意见，传集各学堂派人到咨议局一会。不料各教职员中，敢提意见的绝少，结果另组织了一个学生自治团体—省城学生联合会，推山西大学学生万宗藻、山西农林学堂学生李登瀛为全权总代表，各学堂又自举本学堂代表各2人，协助两总代表承办会中一切事宜，立即着手整顿各学堂伙食、分发学生武装枪弹，临晓即传下巡逻口令，分别到各街站岗，或巡视全街。从此，再没有焚抢事件。以后，白天开会讨论，夜间站岗，习以为常”（张晟：《太原起义目击记》，《山西文史资料》第1辑，第41页）。

当秩序稍有好转时，军政府发布了安民告示，其文曰：“照得本军起义，恢复大汉江山；省垣一朝平定，各县早已均安。省外府厅州县，诚恐不免讹传；土匪乘机抢劫，业经举办民团；所有村乡市镇，一律保护安全。凡尔士商民等，切勿误听谣言；应当各安生业，得以地方为先。要知本军此举，实与种族有关；倘敢立志反对，兵到万难瓦全”。（郑赋嘉：《辛亥革命时期太原的第一张安民告示》，《太原文史资料》第2辑）。

经过一番整顿，到11月上旬，省城秩序已完全恢复正常，此时，景梅九等同盟会员亦应邀从北京返回太原，于是，阎锡山命令孔繁霨、仇亮和景梅九等商议正式成立都督府的办事机构，取法湖北军政府的模式，成立军政、参谋等部，并确定了各部负责人：

军政部部长温寿泉（兼），副部长马开菘。

参谋部部长黄国梁，副部长孔繁霨。

军令部部长常樾。

政事部部长景定成（梅九）。

财政部部长曾纪纲，副部长徐一清。

外交部部长乔义生，副部长李成林。

大汉银行行长徐一清（兼）。

参谋部总参议杜上化。

山西军政府设于省咨议局内，门前悬挂“八卦太极图”的白旗，并在军政府所办的机关报《山西民报》上刊登了《山西讨满州檄文》。文中历数清廷罪恶，号召“凡我同胞，速举义旗，光复旧物”，并说“倘有助纣为虐，杀之勿赦，檄到如律令”（侯少白：《山西辛亥起义纪事》，《山西文史资料》第1辑，第21页）。

省城太原秩序安定后，各商号纷纷开张营业，市民生活趋于正常，太原呈现出一派生机。

4、与吴禄贞组织“燕晋联军”，力图阻止袁世凯北上，并攻取北京，然功败垂成