孙中山的山西之行，他对阎锡山的多次褒奖和临行前的嘱咐，使阎锡山大受鼓舞。为了保守山西这一革命基地，把山西建设好。他首先抓了军政方面的建设，在国内无先例可循的情况下，阎锡山效仿日本军事设置，把军令与军政分开，设立了一个参谋司和军政司，任命孔繁蔚为参谋司司长，掌管军队教训及作战计划等事项；任命黄国梁为军政司司长，掌管军队的补充、编制、装备等事宜；另外设了一个秘书厅，任命赵戴文为厅长，并任命李德懋为官长；还设了一个粮服局，由南桂馨任局长，负责筹办粮秣服装等事项。并且为了统一全省军政，在将温寿泉接回太原，委以军政司司长，调黄国梁为都督府参谋长后，又采取强硬手段，把掌握河东军政分府实权却因对阎锡山不信任而反对全省军政统一的旅长李鸣风和观察使张士秀抓了起来，从而削弱了晋南的山头。对于有数千之众，得到谷如墉、杜上化支持的忻代宁公团，阎锡山派人与续桐溪磋商后，也予解散，以巡警道一席让给续桐溪，弓富魁被委任为都督府顾问，其余公团领导人员，分任各县警官职务。这样又削弱了晋北的山头。与此相应，阎锡山对军队也进行了整编，他在山西民军于撤离太原后转展南北时队伍不断扩大的基础上，按中央政府核准整编为一师，任命孔庚为师长，师下辖两个步兵旅，旅长一由孔庚自兼，另一为刘樾西，每旅下辖两个团，共4团，团长为张培梅、倪普香、赵守钰、台寿民。师又直辖骑兵、炮兵各1个团，团长分别为张树帜、高树勋。另辖工兵、辎重各1营，此外，为培养军队的领导骨干，还成立了1个将校研究所，任命赵戴文为所长，路福保为副所长，所内100多人，大部为军队整编时编余的军官，主要研究军事理论和战略、战术等问题。其后，又成立了1个军事教育团，1000多名团员主要是有一定文化素养的青年及从军队中挑选的士兵。还成立了1个精武社，任命李德懋兼任社长，招收小学文化程度的学生百余人，学习武术。马弁连和卫队营就是以精武社为基础，挑选而组成的。军政方面的这些措施，既强化了阎锡山对山西军事的统一集中领导，也使山西的军队建设在现代化的道路上迈开了步伐，从而为以后阎锡山巩固自己对山西的统治奠定了军事上的基础。

在加强民政、军政建设的同时，阎锡山还顺应时代潮流，在革除旧风陋习，促进社会文明方面进行了积极的努力。这便是他从1912年起，通令全省的男人剪辫子，女人放脚，以及兴办学校等活动，并且首先要求在他的家乡开展起来。命令“听从者奖，违抗者罚”。清朝入主中原后，强迫所有男子要留一根像满族男子那样的长辫子，这不能不说是一种民族的奴役和压迫，虽然经过了辛亥革命，建立了共和，但绝大多数男子，仍把留在脑后的那根长辫子视若宝贝。这对于消除满清统治对人们造成的心理影响，显然是十分不利的。而从宋代就开始的妇女缠足，把天生的一双脚硬是要缠裹成“三寸金莲”，不仅使妇女的身心受到摧残，而且也严重地削弱了社会劳动力，因此，剪辫子、放足，对于反封建奴役，改变社会陋习，发展社会文明，都是十分有意义的大事。然而，由于留辫子、缠足的陋习，已经根深蒂固，所以，对它的革除就相当困难，当时五台、定襄一带流传的顺口溜：“初三、十三、二十三，河边出了个阎锡山。阎锡山灰拾翻（胡折腾，胡闹之意，当地方言），剪了辫子留了学，搬了神堂立学堂”，就充分说明了人民对阎锡山这一举措的不满。