正因为阎锡山推行“兵农合一”的目的是这样的，所以，“兵农合一”实行的结果，既没有出现像他所说的“安定了家庭生活”，“负担公道”，“生活平等”，使百姓“把光景积大”，并使之“教育机会均等”等美好景象，也没有达到他所谓的“没有穷人，没坏人，没愚人，没闲人”（《兵农合一》（下），第59—60页），反而给他统治区的广大民众带来了巨大灾难。不仅广大农民因负担过重，难以为生，而被迫四处逃亡，致使土地荒芜，杂草丛生。如太原郊区，以当时最好的土地来说，一“份地”的产量也不过25石，他每一“份地”的负担，包括地租、优待粮、正额负担、调剂粮、学校粮、救济粮、马料、分数粮、富商粮、耕地粮等项目，合在一起计算，少则10石以上，多则20石，也就是说，80%的产品被阎锡山掠夺而去（太原市人民委员会办公厅编：《巨变中的太原》（农业部分），山西人民出版社1961年版，第12页）。正因为农民不堪其苦，纷纷弃地而去，逃离家园，有的甚至跑到了解放区，因此，在阎锡山统治的地区内，有些村庄逃亡户占到本村总户数的20%多，不少地方的荒地面积达到30%到50%。当时流传的一些歌谣：“兵农合一聚宝盆，村里跑的没有人”，“编组抓丁真真好，地里长的全是草”，“编村村长兵贩子，害得媳妇没汉子”等，正是广大农民对“兵农合一”暴政的无情讽刺和无比愤慨情绪的充分反映。就是在城镇，许多私营的工商业也深受“兵农合一”之害。因为1947年以后，各商号从业人员，凡属壮丁也都被编组。出常备兵的商号，人被拉走，还要出“优待粮花”。不出常备兵的，则要花几百银元才能雇到顶替的人，不少商户一年所得利润还不足支付这些负担，致使商业日趋衰败。

“兵农合一”造成的严重危害，就连孔祥熙和阎锡山过去的一些属僚也看不下去。1946年12月，贾景德、温寿泉、赵丕廉、梁上椿、徐永昌等70余人联名致电阎锡山，反对“兵农合一”，他们说：“现在山西省府统治下的人民，最近逃至平津汴洛及西安等处者日益增加，大多衣食无着，颠连困苦，其状甚惨。在抗战时期避敌寇而逃，或在占据区域不堪压迫而逃，尚无足怪，今省府收复区内竟有此现象，殊出意外”，他们认为造成这种现象的原因是“推行‘兵农合一’将社会基础根本改造”，“征粮工作及其他一切摊派竭泽而渔”，“地方及乡村干部组织庞大，职权太高，分工复杂，生杀予夺，勒索凌辱，人民不堪其苦”，要求阎锡山“迅速停止‘兵农合一’办法”，“撤消地方乡村各级干部，村长改由民选”，“取消一切不合理之摊派，减轻人民负担”和“取消一切特殊单行办法”（《山西省公安厅敌伪档案》全宗号9，目录2，案卷号4）。此后，贾景德还单独致电阎锡山相劝，“将‘兵农合一’试办区缩小，一面试行制度，一面容纳众意，以慰其望”。但是，阎对孔祥熙和贾景德的复电中，虽然也不得不承认“兵农合一”存在的某些弊端，但仍坚持认为“今日抢夺政权者，趁土地问题未解决之际，称兵壮大，无法限制。山不敏，确认‘兵农合一’不只能解决土地问题，并能解决兵役问题，国防问题，重工业问题……。实行与否，关系桑梓存亡，国家安危，潮流不可逆，时代不可违。今日土地问题，即与政权相关联，谁解决土地问题，政权即属于谁。土地问题若是让他人解决，必遗国人以无穷之祸。本党也将成噬脉之悔，山敢断言也”，实行“兵农合一”，“此是山西安危所关，本党存亡所系，我绝非固执己见也”（《阎锡山年谱》（六），第2256—2257页）。之后，随着阎统区的不断缩小，为解决其日益枯竭的兵源、粮源问题，并对抗声势浩大的解放区的土改运动，更一如既往，继续加紧推行“兵农合一”。