微观进化有证据支持，故没有人反对，甚至连保守的创造论者也不会反对。但这一理论的局限是，所有的变化都不会产生惊人的后果，所以很难用微观进化来解释大量新奇物种的产生。而且，实验室中基因水平的突变很难制造出新的物种来，基本都是在物种内部变来变去的，这也给不同目的的反对者们提供了借口。

20世纪40年代，一位美国遗传学家提出了宏观进化的概念，主张对生物进化起决定作用的不是微观进化，而是以物种为单位的宏观进化，即物种在漫长的地质年代中发生在“种”这一层次之上的大变化，比如从鸟类到哺乳动物、从裸子植物到被子植物，都是宏观进化现象的代表。该理论旨在阐述微观进化所不能解释的物种变异现象，对大的物种门类的出现作出说明，并可以用来解释古生物化石的某些现象。此前提到过的间断平衡理论正是用于解释宏观进化的一个重要理论。

而怎样才会出现宏观进化呢？

一些学者给出的答案是，只有大突变才会产生大进化，所以，宏观进化是跳跃性突变的结果。跳跃性突变不是以点点滴滴的基因突变为基础，而是以整条染色体的改变为基础，这种大的改变极有可能产生出大的物种跳跃。老鼠的后代，极有可能因此而变得面目全非，在化石上的表现，就是新种的突然出现。

也有的观点认为，其实宏观进化并不排斥微观进化，跳跃性的突变也仍然是在基因的微小突变的基础上进行的，只不过表现得比较激烈一点而已。所以，宏观进化与微观进化这两种表述并不是根本的不同，而只是观察视野的不同。

但经典的达尔文主义者对宏观进化的提法非常不满，仍然坚信进化只能是一点点微观进化积累的结果。把宏观进化和微观进化掺和到一起，是瞒天过海的欺人做法。正如要步行去千里之外，需要靠一步步地走过去，最后的结果虽然显示目的地离出发地很远，但那只是假象，是缺少中间环节带来的假象。如果有人用摄像机一步步地拍下步行的过程，当然就不会产生这种显得很突然的假象。只可惜，化石没有保存下来每一步的变化，我们只看到了结果。

综合进化论把微观进化和宏观进化调和了起来，把微观进化看作是进化的基础。当很多微观进化汇集起来时，结果就表现为宏观进化。

但是，这种调和其实并没有真正地起作用，部分微观进化论者和宏观进化论者之间仍存在尖锐的对立情绪。包括古尔德在内的支持宏观进化的学者们相信，微观进化其实是非常微不足道的过程，对于物种进化并没有实质性意义：一条母狗生下小狗，每一代之间都会有微观的变异，但那仍是狗，根本不会有变成猪的可能。只有宏观进化才有形成新种的可能，这种变化是跳跃的、巨大的，所以也有着与微观进化完全不同的生物学机制。因此，宏观进化应该是一种独立的现象，并不是微观进化的表现形式。

微观进化论者当然不同意这种看法，他们指出微观进化的速度是变化的，有时很慢，有时也很快。这一切都与环境的变化有关。当速度很快时，很可能就会表现出宏观进化的样子来。微观进化论者甚至用非常有力的论证表明，只需要通过微观进化，从一只小鼠进化到大象这样的庞然大物，大致只需要一万年就足够了。而这在地质上的表现，只不过是弹指一挥间而已。

宏观进化论者们还有一个麻烦就是，他们需要大突变来制造大进化，但如何才能产生所谓大突变呢？从生物学角度来看，特别是从基因层次来看，大突变还有重要的生物学意义，这是不可想象和不可理解的事情，谁都知道从一堆洗乱的牌里随机摸出一副同花顺是多么困难的事情。更困难的是，生物是一个协调的有机体，局部的改变必须有其他器官的配合才会有真正的意义，一个光秃秃的没有羽毛的翅膀只适合作烤翅，而不适合飞行；有翅膀有羽毛却拖着一双厚实的大腿，同样也飞不起来。整体性的大突变，实在是难比登天！