宏观进化论者针对这种责难，公然提出了有名的“有希望的怪物”理论以与综合进化论进行对抗。他们认为始祖鸟就是一头卓尔不群的“有希望的怪物”，后来成了鸟类的祖先。同时，宏观进化论者还反问微观论者，如果所有器官都是一点点渐变出来的，那么请问，一双短短的没有长全的还不足以飞起来的半截翅膀又能有什么用处？

与此相关的争吵至今仍很激烈。从基因层次来看，是有可能发生大突变的，HOX基因就是一个重要的例证。人与黑猩猩的各种蛋白质大多结构差不多，只有不到百分之一的不同，而这一丁点的不同却造成了人和黑猩猩如此严重的差别，似乎充分说明有某种重要的发育调控基因存在，这些发育调控基因的突变将会是大突变的基础。

可是，就算这种大突变真的存在，那么，它所产生的那头绝无仅有的“有希望的怪物”又到哪里寻找心上人去洞房花烛呢？找不到可以般配的心上人当然就意味着绝后，这只怪物的希望何在？它只能在“拔剑四顾心茫然”之后悲惨地化为尘土，然后随风而逝，再也不见踪迹。

看来这个难题一时还找不到更好的解释。

1947年，遗传学、分类学和古生物学共同问题委员会在普林斯顿成立，该委员会有三十多位学术权威组成，各来自生物学的不同领域。在这次牛人云集的科学大会上，清晰地表达了这样一句话：自然选择是一切适应性进化的机制。

1959年11月，中国刚刚开过一个把彭德怀打倒在地的庐山会议，西方不久就召开了一个生物学界纪念《物种起源》出版100周年的庆祝大会，综合进化论得到了全面认可，自然选择学说也取得了全面胜利。

迈尔曾对综合进化论有过总结性的论述：这是《物种起源》问世以来，进化论研究史上最重要的事件。进化论综合虽然不是一场革命，但显而易见它是达尔文进化论的最后成熟。他满怀信心地指出：进化生物学与生态学、行为生物学、分子生物学的结合，提出了无穷无尽的新问题。然而，需要强调的是，任何新的发现都不可能对综合进化论的基本理论框架有突破性的打击。

事实上，与进化论上所有的争论情况相似，综合进化论并没有彻底解决所有争论，包括宏观进化和微观进化之间的问题，没有一方能完全说服另一方。争论仍将继续，进化论的综合也没有如迈尔所说的最后完成。威尔逊就认为它还需要一次新的综合，那就是社会生物学的话题了。

当综合进化论正努力前行时，几乎与此同时，另一个争论也浮出了水面，即自然选择发生在何种层次上的？是群体水平，个体水平，还是基因水平？

这当然又是一个难题。