魏斯曼在遗传学方面的研究使他成为现代遗传学的开拓者之一。他提出的“种质论”遗传学说与孟德尔的“遗传因子”理论有异曲同工之妙。两人一道为日后的基因学说奠定了理论框架，后来经过摩尔根的努力，遗传学大厦得以基本完成。

“种质论”认为，生物机体可以分为“种质”和“体质”两部分。这个“种质”，就类似后来的基因或染色体，而“体质”则相当于细胞质，也就是基因以外的部分。

魏斯曼认为，“种质”是连续的，从上一代传给下一代，生生不息，永不消失。“体质”则不然，只不过是一具“种质”借以路过的臭皮囊，机体一旦死亡，“体质”即告消失。“种质”因为存在于“体质”之中而得到了保护，因此，“种质”不容易受到环境的影响。这种说法，基本上描述了基因和细胞质的关系，而且为后来道金斯提出“自私的基因”理论有一定的启发作用。更难能可贵的是，在这一理论基础上，魏斯曼得出了很多正确的遗传学知识。他认为，既然只有“种质”能传给下一代，那么“体质”特征就不会遗传下去。

可不要小看了这个理论，这可是从根本上否定了拉马克的“获得性遗传”！

正因为如此，所以，魏斯曼在进化思想上是坚决排斥获得性遗传的。他比达尔文的态度要坚决得多。达尔文常常在自然选择和获得性遗传之间徘徊。他有时讽刺拉马克，有时却又用获得性遗传来解释一些现象。相对于达尔文在这一方面的糟糕表现，魏斯曼有理由骄傲一下，为此他的理论被称为“新达尔文主义”。所谓“新达尔文主义”，就是继承了自然选择理论，但彻底放弃了获得性遗传的达尔文主义。

魏斯曼对达尔文的错误抱着宽容的态度。他在向达尔文致敬时曾说到：“这样一些弯路是难以避免的。”

可是魏斯曼走得太远了，因为对生存竞争的过度相信，以至于认为生物各器官之间也存在竞争，并以此解释某些器官的退化现象，因为这些器官在竞争中处于下风，渐渐被淘汰了。进而，魏斯曼把这一广泛竞争的思想“推广到一切生命单位”。按这种说法，同一机体的细胞与细胞之间也存在竞争。现在看来，这似乎是不合适的。同一机体细胞之间的合作精神明显要大于竞争，否则的话，如果细胞之间的竞争过于激烈，一个人施施然地正走在路上，不免要面对突然散架解体化为乌有的危险。

达尔文之所以时有摇摆，是因为他没有建立一套正确的遗传理论。虽然他和魏斯曼一样，都在用强大的头脑对遗传现象进行着合理的推测，但他推错了方向。

当然，推错方向的不止达尔文一个。在当时的科学界，虽然拉马克的理论在达尔文风潮冲击之下，相信的人已经很少了，不过仍有很多支持者，而且，他们采用了与达尔文的支持者相同的手法，对拉马克的理论作了改进，称之为“新拉马克主义”。“新拉马克主义”者和“新达尔文主义”者进行了长期的论战，虽然几乎一直是处于下风，但他们的战斗精神却并没有消失。

“新拉马克主义”一词是在魏斯曼对获得性遗传进行猛烈批评之后出现的，源自于拉马克的祖国法国，但这种思想却早就存在。他们针对达尔文的理论提出的针锋相对的主要观点是：自然选择不是真理，最多只能算是生物进化的辅助因素。在他们看来，生物具有强大的可塑性，只要环境发生改变，生物也就随之发生改变，以适应新的环境；并且，这种变异绝不是如达尔文所说的那样是随机发生的，而是经过环境的诱导而出现的，或者是生物对环境长期习惯的结果。这就是所谓的定向变异。定向变异产生的性状就是“获得性”性状。自然选择虽可以淘汰不适应的个体，但获得性遗传才是真正“适应”的原因。

这种说法特别容易理解，而且在表面上看起来，似乎也和实际情况相吻合。比如在暗无天日的洞穴中生活的动物，由于长期见不到光线，它们的眼睛没有什么用处，于是乎日益萎缩，最终消失了。这似乎正是典型的用进废退和获得性遗传。

不要说普通读者，就连达尔文都对这一现象不知所措。他在《物种起源》曾专门介绍了鼹鼠等穴居动物眼睛退化的事实，然后达尔文说：“这种眼睛的状态很可能是由于不使用而渐渐缩小的缘故。”但他还不甘心彻底放弃自然选择的作用，所以接着又说了一句：“不过恐怕也有自然选择的帮助。”

真实的情况是，仍然是自然选择在起作用。在黑暗环境下，当眼睛不能给动物提供生存优势时，反而会一变而成为劣势。因为眼睛经常发炎，加上地下的某些营养跟不上，所以，眼睛退化的变异体反而更容易成功生存。而埋在皮下残存的眼睛在感知方向方面仍起到重要作用，所以也不能彻底抹掉。