这一回，隋朝的大臣们对杨广的命令提出了质疑。大臣们都同意讨伐高句丽，但多数人认为现在并不是出兵的时候。天下多年来苦于兵役和劳役，百姓已经精疲力竭，出现了骚乱的迹象。有人开始逃离家乡，躲入穷乡僻壤开荒种地，逃避无休止的徭役。有人甚至自断肢体，逃避徭役，称之为“福手”“福足”。发动大规模的对外战争再行征役，势必使恶劣的局势雪上加霜。

像往常一样，杨广断然拒绝了大臣们的劝谏。大业七年（611）二月，杨广下诏讨伐高句丽，自己巡幸涿郡，命令天下官兵不论远近，都在明年春天到涿郡集中。第二年正月，应征士兵全部集中于涿郡，共一百一十三万三千八百人，号称两百万，负责后勤运输的民工几倍于此。这是中国历史上前所未有的用兵规模。隋朝还通知了北边和西北的许多藩王到涿郡来观阅隋军的雄壮景象。准备就绪后，杨广正式下讨高句丽檄文：

而高丽[1]小丑，迷昏不恭，崇聚勃、碣之间，荐食辽、獩之境……移告之严，未尝面受，朝觐之礼，莫肯躬亲……輶轩奉使，爰暨海东，旌节所次，途经藩境，而拥塞道路，拒绝王人，无事君之心，岂为臣之礼！此而可忍，孰不可容！

杨广决定水陆分兵讨伐高句丽。隋朝的陆军分为二十四队，分批出发，一直走四十天才走完。整支军队规模惊人，仅杨广的御营就绵延八十里地。隋军进入高句丽国内作战时，许多押送军需的民工还行进在河北、山东各地。

当时刚刚修完大运河第一期工程，侥幸活下来的民工本来是可以回家的。现在为了开通水路运送军粮，杨广下令将大运河从洛阳继续挖到涿郡。那些可怜的民工不得不继续转战大运河第二期工程。

隋朝的水军集中在山东沿海。隋朝在东莱（治所在今山东莱州）海口督造战舰三百艘，日夜赶工。民工们昼夜立于水中造船，因为长期浸泡在海水中，腰部以下都长满了蛆，三分之一的人死亡了。

大臣们对天下百姓承受能力的担心成真了。东征高句丽的兵役、徭役量超过了大业时期前几年国家工程征役量的总和。中原地区的人力、物力已经无法支撑庞大的战争，官府开始普遍征发妇女服役，同时命令江南的百姓出力、出军粮，北上涿郡服役。后来牛车都被征调完了，官府不得不征调人力小车三十多万辆以运输物资。这些小车由两个人推着前进，只能载米三石。道路遥远，米没送到军营就被车夫吃完了。车夫们没法交差，只好四处逃亡，成为社会不稳定因素。而所有的这一切都对正常的农业生产造成了毁灭性的破坏，极少有人能够安稳从事农耕，粮食产量急剧下降，物价飞涨。再加上某些地方出几个贪官污吏，百姓们的生活就完全过不下去了。

民乱旋即爆发，杨广却还沉浸在踏平高句丽的梦想之中。他任命爱将宇文述为扶余道军将，负责陆军。宇文述当时的年纪已经挺大了，杨广特许他带着家眷出征，便于照顾生活起居。杨广向宇文述解释说：“古礼说，七十岁以上的人出征可以带着妇人，宇文公可以带家眷随军。”接着，杨广做了一个很不恰当的比较，说“项籍虞姬”就是先例。杨广挑选的水军统帅是在江南就认识的来护儿。来护儿在地方上政绩出众，杨广继位后，他进入隋朝政权中心，升迁为右翊卫大将军，晋封荣国公。现在，杨广任命来护儿为平壤道行军总管，率水军由东莱海口横渡黄海，计划从涢水（今朝鲜大同江）进入高句丽，突击高句丽首都平壤。

杨广预料这将是一次胜利的行军，在出征前下令：“凡军事进止，皆须奏闻待报，毋得专擅。”他不希望战果和功劳都被前线将领占去了，牢固掌握着决策权，想体验一下亲自指挥灭亡高句丽的滋味。这就在客观上束缚了前线将领的手脚。杨广甚至考虑到高句丽城池主动投降的情况，下令前线将领要就地安抚接纳，不能纵兵掳掠。而大军刚出发，洛阳的官员就受命开始在金光门前搭建高台，以备大军凯旋后举办献俘仪式。