《民办教育促进法》的颁布实施进一步夯实了民办教育发展的制度基础，逐步构建起相对完善的民办教育法规体系，为民办教育的发展提供了法制保障，促进了教育观念、办学体制和教育体制等方面的改革发展。
《民办教育促进法》明确民办学校与公办学校具有同等法律地位，国家保障民办学校举办者、校长、教职工和受教育者的合法权益和民办学校享受国家税收优惠政策等重要内容，形成了支持民办教育发展的框架性制度设计。2004年，国务院颁布实施《民办教育促进法实施条例》，以八章五十四条的篇幅，从民办学校的举办者、设立、组织与活动、资产与财务管理、扶持与奖励、法律责任等方面作出了详尽的规定，奠定了民办教育发展的强大制度基础，从此民办教育获得更加广泛的支持和认可。同时，2003年国务院颁布的《中外合作办学条例》成为民办教育领域中外合作办学的法律依据，也是我国教育领域应对经济全球化的新举措。
2003—2005年，国家出台了《民办教育促进法》的一系列实施细则，配套推进民办教育改革发展。比如，教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，国家财政部、国家税务总局《关于教育税收政策的通知》，教育部办公厅《关于启用〈民办学校办学许可证〉有关问题的通知》，国家发展和改革委员会、教育部、劳动和社会保障部《民办教育收费管理暂行办法》等相关规定。
在随后的近10年中，我国继续出台一系列的民办教育法规政策，全面深化和落实《民办教育促进法》及其配套法规规章，并在探索中不断推进民办教育的稳步发展。2007年2月施行的《民办高等学校办学管理若干规定》详细规定了民办高校招生、管理、教学等内容，加快推进民办高等教育健康快速发展。2008年4月施行的《独立学院设置与管理办法》进一步明确独立学院办学属性和学位授予权，奠定独立学院发展的坚实基础。2010年10月，国家颁布的《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》强调从扶持和规范管理两个方面促进民办学校发展，推动形成了民办教育与公办教育共同发展的基本格局。2012年6月，教育部颁布《关于鼓励和引导民间资金进入教育领域 促进民办教育健康发展的实施意见》，提出“充分发挥民间资金推动教育事业发展的作用”“拓宽民间资金参与教育事业发展的渠道”，从办学许可、清理纠正歧视政策、落实民办学校办学自主权、招生自主权等方面体现了“完善促进民办教育发展的政策”的相关内容。
在此阶段，《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》中还明确积极探索营利性学校和非营利性学校分类管理，在全国展开分类管理的试点，并在国家层面推动教育一揽子修法，其中包括修改《民办教育促进法》以及《教育法》中的相关法律条文。随后，2015年修订的《教育法》明确不再禁止举办营利性学校。2016年11月7日，十二届全国人大常委会第二十四次会议审议通过了《关于修改〈中华人民共和国民办教育促进法〉的决定》，对2002年颁布的《民办教育促进法》作出民办学校非营利性与营利性分类管理、加强民办学校党的建设、义务教育阶段不得设立营利性民办学校、民办学校信息公开制度等16项修订，并于2017年9月1日开始实施。
在此基础上，国务院《促进民办教育健康发展的若干意见》（2016年）从支持和规范两方面对分类管理背景下民办教育的改革和发展作出前瞻性、规范性、全面性的规定，为民办教育在新的历史起点上实现健康发展指明了方向。与此同时，相关部门等还出台了《关于加强民办学校党的建设工作的意见（试行）》《民办学校分类登记实施细则》和《营利性民办学校监督管理实施细则》等新政。新法、新政奠定了新阶段民办教育改革与发展的重要制度基础。