（一）从多样到统一
由于民办教育系统自身演化的复杂性，以及政府对民办学校治理形式缺乏统一的规定和要求，在《民办教育促进法》出台之前，民办学校内部治理形式杂乱多样。当时较为常见的内部治理形式包括董（理）事会领导下的校（院）长负责制、校长负责制、校务委员会领导下的校长负责制、教职工代表大会基础上的校长负责制（这类学校主要由集体发起成立，无实质性的出资者，教职工根据工作时间长短和贡献大小享有学校股权）、主办企业领导下的校长负责制等。这些治理结构形式名称各异，治理主体的职责和权力范围各不相同。教育部有关部门2000年对159所民办高等教育机构和744所民办中小学的调查发现，约67%的民办高等教育机构实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制；约57%的民办中小学实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制。[5]
这种状况一直延续到2002年《民办教育促进法》及其实施条例颁布之后，民办学校才逐渐朝着建立董（理）事会领导下的校（院）长负责制方向发展，到2016年通过新《民办教育促进法》，明确将实行民办学校非营利性、营利性分类管理，民办学校法人治理结构统一到实行董（理）事会领导下的校（院）长负责制。
董（理）事会领导下的校（院）长负责制明晰了学校董（理）事会和校长的权责范围。学校董（理）事会行使下列职权：聘任和解聘校长；修改学校章程和制定学校的规章制度；制定发展规划，批准年度工作计划；筹集办学经费，审核预算、决算；决定教职工的编制定额和工资标准；决定学校的分立、合并、终止和其他重大事项。校长负责学校的教育教学和行政管理工作，行使下列职权：执行学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的决定；实施发展规划，拟订年度工作计划、财务预算和学校规章制度；聘任和解聘学校工作人员，实施奖惩；组织教育教学、科学研究活动，保证教育教学质量；负责学校日常管理工作；学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的其他授权。
在实际运行中，受政策法规不完善、学校发展沿革、社会环境以及举办者理念等因素影响，仍有相当一部分民办学校的法人治理结构只是停留在形式上，未充分付诸实施并发挥应有的作用。这些问题将在下一节讨论。
（二）从“任性”到理性
在发展初期，民办教育在夹缝中求生存。为了获取更多资源，一些民办学校利用国家法规政策对学校内部治理规定尚不健全、相应规范制度缺乏的漏洞，在功利性办学的刺激下，忽视内部治理建设，“任性”办学。少数投资者单纯追求经济利益而忽视教育质量，违背教育公益性原则，在社会上造成了负面影响。个别民办学校滥用办学自主权，利用虚假招生广告欺骗群众，不能做到诚信办学，等等。随着学校发展，民办学校内部治理机制方面的缺陷日益严重，由此导致的深层次问题不断显现。2004年托普集团办学圈地事件、2005年南洋教育集团倒闭事件、2011年福建仰恩大学师生罢课群体抗议事件等在一定程度上均由内部治理紊乱所致。