在幅员辽阔、人口众多，各地经济、文化和教育水平差异明显的中国，高等教育要在公平与效率两方面兼顾颇为不易。
自2015年10月国务院印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》（以下简称《方案》）以来，一流大学与一流学科建设的问题已经成为高教界最热门的话题。什么是一流大学？《方案》讲的是“世界一流大学”。然而，对许多大学而言，首先要达到中国一流大学，才谈得上建设世界一流大学。从中国高等教育史来看，中国人所称的一流大学，其指称是不断变化的。在民国时期，国立大学基本上可以看作当时的一流大学。1949年以后，很长时期内有“重点大学”之称，后来又在1995年出现“211工程”大学、1998年开始建设“985工程”大学，不再使用“重点大学”的概念。而现在要淡化“985”和“211”，便用一流大学来慢慢替代。
在以往建设重点大学和现在建设一流大学的计划中，始终有一个公平与效率的问题。在公平与效率两个方面，过去的“211工程大学”在全国范围来说是公平与效率兼重，因为各个省、市、自治区至少有一所“211工程大学”，从布局上看还算公平。但从具体某个省来看，一个省的省属高校通常只设一所“211”高校，又是只重效率。“985工程”基本上可以说是重视效率不重公平，因为“985工程”就是追求建设世界一流大学，不考虑区域布局，基本上只重水平和效率。现在世界一流大学也以效率优先，是否能够兼顾公平很难说。
“211工程”和“985工程”的实施，大大提升了进入这两个工程建设计划高校的水平和实力。但是，因为一个省的省属高校通常只设一所“211”高校，原来与入选“211工程大学”水平接近的其他大学，当初未被选上，20年过去之后，“211工程大学”和非“211工程大学”的差距人为地被拉得很大。为了弥补缺失，提供更多的优质高等教育资源，近年来不少省份启动了“高水平大学”建设。
以东南地区的省份为例。2014年8月，福建省高水平大学建设正式启动，福州大学、福建师范大学、福建农林大学入选，省财政每年投入2.8亿元支持三校进行高水平大学建设。2014年11月，安徽省启动“地方高水平大学建设方案”，纳入的高校达14所，是各省高水平大学建设计划包含高校数最多的省份。广东省高水平大学计划，是指2015年起，广东将力争用5～10年时间，建成若干所具有较高水平和影响力的大学，培育一批在全国乃至全世界占有一席之地的特色重点学科。经过层层遴选，最终中山大学、华南理工大学、暨南大学、华南师范大学、华南农业大学、南方医科大学、广东工业大学7所高校入选。2015年4月，浙江省公布第一批重点建设高校名单，中国美术学院、浙江工业大学、浙江师范大学、宁波大学、杭州电子科技大学5所高校榜上有名，浙江省将加大财政投入，由省财政设立专项资金支持建设。2015年11月，在江西省教育与社会发展智库成立暨第一次专家咨询会议上，也在研议江西要重点建设若干所“有特色高水平大学”。
这些地方实施高水平大学建设计划，实际上是另外一种“一流大学”或“重点大学”建设，其动因之一，是部分弥补“211工程”只局限一所省属大学的不足，兼顾公平与效率，对增加优质高等教育资源、提升这些高校的办学实力和水平，具有重要的作用，值得肯定。
然而，在建设一流大学方面，除了“985”“211”、高水平大学建设等工程或计划以外，还有一个非常重要的问题，是教育部直属高校的区域分布问题。教育部直属高校隶属于教育部，由中央财政直接投入，绝大部分都是“211”以上高校，基本上代表着中国的一流大学。但是，现实情况是，教育部直属高校分布很不均衡。