想要建设现代学校制度，落实学校的办学自主权，就必须克服学校的行政化倾向，完善政校分开，管办分离的新型管理体制。作为高等学校来说，还要处理好行政权力和学术权力的关系，探索教授治学的有效途径，充分发挥教授在教学、学术研究和学校管理中的作用。
（一）克服学校行政化倾向的动因
1.学校的行政化倾向过强损害了学校的办学自主权
学校的行政化倾向过强，学校校长和教职员工的职级与行政级别挂钩，学校成为行政部门的延伸，导致学校过于依赖上级行政部门的指挥和命令，损害了学校的办学自主权。办学自主权对于提高学校的办学质量是十分重要的，尤其对于高等教育来说，它是建设高水平大学的重要保证。德国的柏林大学能够在短短几十年的时间成为世界大学的典范，一个重要原因就是这所学校享有高度的学术自治和办学自主权。正如洪堡的一句名言所说：“国家不能直接希望从大学获取它所需要的东西，只能希望等到大学实现自己的目的以后，大学才能真正为国家提供所需要的东西。”[29]大学作为高级人才培养和知识生产的基地，只有具备办学自主权才能摆脱一切不合理的干预，在探求真理的道路上大步前行，更好地引领社会，并为国家的发展作出贡献。
2.学校的行政化倾向过强不利于营造健康的校园文化
行政权力凌驾于学术权力之上，使教育行政人员的权力膨胀，一个人只要当上了领导就会在评教授、申课题、分房子等各方面享有优先权，这导致一些教师和教授不再潜心教学和做学问，而是把精力放在奉承领导，争取官位的事情上，结果是使校园文化不再是追求真理和新知，使人们不再专心学习和研究，严重阻碍了创新人才的培养和学校科研水平的提高。
3.学校的行政化倾向过强影响了教师工作的积极性
学校的根本任务是培养高素质的人才，培养高素质人才的关键是要有高素质的教师。因此，我们在发展教育事业的时候要把教师摆在较高地位，将教师视为学校的主体，而把行政人员摆在服务者的地位，充分发挥其服务职能。然而在现实的学校中，行政官员取代教师成为学校的主体，由服务者变成管理者，导致许多教授的收入少于行政人员的收入，这不但会引发学校内部的矛盾，而且还会严重打击教师工作的积极性，不利于学校的发展。
4.学校的行政化倾向过强会制约学术的发展
在教育部评出的第五届国家高等学校教学名师中一共有100位获奖者，其中除了10名教师是没有任何行政职务的一线教育工作者，其余的90位都拥有校长、书记等头衔。学校的行政化倾向使得行政人员可以在各方面取得优势，这会使许多教师认为走行政道路更有前途，从而把更多精力放在谋求行政职务上，甚至放弃学术研究的工作，这对学校学术的发展无疑是一个巨大打击。
5.学校的行政化倾向过强容易增加办学成本
学校的行政化倾向过强，容易导致行政机构规模过大。据北京大学的一份调查显示，北大在2001年校部共有13481名教职员工，从事学术性工作的专任教师只有33.65%，从事行政和后勤工作的人员却占到66.35%。行政人员比例日益增大，一方面，容易导致行政冗员过多，拿工资的人多，真正办事的人少，从而带来效率的低下和资源的浪费，极大地增加办学成本；另一方面，由于学校领导追求政绩，把大量的资金和人力放在与教学和科研关系不大的“面子工程”上，不但会提高办学成本，而且也会使教学经费不足，影响学校的办学质量。
（二）教授治学是克服学校行政化倾向的重要途径