第四，提升民办教育层次，鼓励民办院校进入研究生教育领域。受民办教育发展水平、高校设置及学位审核的某些限制，目前我国民办学校主要从事本专科及其以下层次的教育，很少有民办学校能直接从事研究生层次的高端教育。将来应取消相应限制，对具备学士、硕士和博士学位授予单位条件的民办学校按规定程序予以审批，给予授权。民办院校从事研究生层次的教育也有利于更新人才培养观念，创新我国人才培养模式。
（二）依法管理民办教育，促进民办教育健康规范发展
依法管理是政府处理与民办学校关系的基本原则，《民办教育促进法》将此作为国家民办教育工作指导方针之一。《教育规划纲要》基于民办学校法律属性不清晰，产权归属不明确，内部治理机制不健全，部分学校办学不规范，政府监管体制机制不健全，相应扶持政策难以落实等突出问题，强调要对民办教育“依法管理”。“依法管理”不仅要求民办学校要守法，更重要的是要求政府对民办学校的管理不仅要有法律依据，而且相关行政行为应在相应法律法规约束下按照相应程序进行。换言之，就是要求政府守法。具体而言，“依法管理”要求政府：第一，对法律法规要求政府部门承担的管理责任和处理的事务，政府相关机构和工作人员应积极作为，不能漠视或拒绝处理。第二，政府机构和官员在管理和处理民办教育事务时应有法律法规的授权和依据，作出的相关裁定或决定符合法律要求，不越权；同时相关程序符合法定要求，在管理过程中充分尊重民办学校自主权。第三，政府部门和行政官员在行政管理过程中应依法行事，不能依照行政官员个人的好恶或个人的利益进行处理。第四，任何的法律法规都不能完全把现实的复杂性及其变化全部考虑在内，在出现新的情况时，政府机关和行政官员能够依据法律的精神和原则作出决定。
政府部门不能依法管理民办教育常常表现为“缺位”和“越位”两种现象。“缺位”是指政府机关没有承担起应该管理的责任，典型的情况是“无法可依”，即对需要政府管理的事务，因没有相应的法律法规或政策作为行政依据，或者是相关的法律法规规定过于模糊，对具体情况难以起到指导作用，行政官员不积极作为，这种现象具有一定普遍性；另一种情况是“有法不依”，虽然法律法规有明确规定，但政府官员不依法办事，不作为。“政府越位”主要指政府机构管理了本应属民办学校自主管理的事务，影响到民办学校办学自主权。《民办教育促进法》和其《实施条例》都明确规定要保障民办学校办学自主权，如“自行设置专业、开设课程，自主选用教材”和招生录取权等。但现实中，民办学校在确定招生计划、招生专业、录取标准、招生方式以及招生区域方面仍受政府相关部门的许多限制，民办学校在办学定位、办学层次、专业设置、教学安排和选用教材及教育方式的自主权受到限制。
影响政府依法管理的主要原因是：民办教育是新生事物，相关部门因缺乏管理经验和认识不足导致相关法律法规与政策供给滞后，政府机构或官员“无法可依”，或常出现以官员意志代替法律法规的现象；民办教育发展过程存在复杂性，尤其是非营利和营利性共存、保护投资者的积极性与倡导民办教育公益性共存，常常使政府部门陷入“顾此失彼”的政策困境，限制了政府对民办教育的依法管理；政府相关部门对民办教育的认识不统一，导致相关的法规和政策彼此打架，也容易导致有法不依。要实现依法管理，为民办教育提供健康可持续的发展环境需要做到以下几点。