由于20世纪90年代末以来学生规模的超常规快速扩张，原有渠道的资金来源数量远远不能满足包括大量新建教学设施在内的资金需求。在政府拨款不足、经费供给缺口日趋扩大的状况下，许多高校被迫选择借贷筹资，既包括从外部金融机构获得贷款，也包括来自高校内部不同项目之间的债务。负债运行是近年来各地高校普遍采用的筹资行为，成为继财政拨款、学杂费收入之后，高校筹措资金的第三个主要渠道。虽然负债融资作为在原有财力有限制条件下高等教育非常规发展的特殊的资金融通手段，在一定程度上缓解了高校经费不足的困境，为高等教育的跨越性发展提供了重要的财力支撑，但与此同时，部分高校通过各种外部或者内部债务来维持学校的经营与发展，在相当程度上加重了后续财务运作的风险。而进入还款期使得高校的风险压力不断升级，这已经成为威胁我国高等教育良性可持续发展的严重隐患。[19]截至2012年，广东50所公办高校贷款98.69亿元，年需向银行支付利息7亿元；2013年，浙江公办普通高校的债务额已经达到94.68亿元。近几年来，随着还贷高峰期的到来，高校负债危机加剧。为化解高校债务危机，有的省份由地方财政提供补贴的方式进行，例如，2017年年初，广东省财政厅下发《关于安排2017年化解高校债务资金的通知》，由广东省财政一次性安排3.4亿元专项用于化解学校基建债务[20]，但在巨额贷款面前仍然是杯水车薪。