沈葆桢是林则徐的女婿，从小受过严格的儒家思想教育，忠君报国，一身正气。但他也看到了世界潮流，力主“师夷制夷”，变革图强。在晚清睁眼看世界的先进分子中，他是晚于林则徐、魏源，早于康有为、梁启超的过渡人物。当时政局，一团乱麻。帝国主义势力插手中国，多国角逐，朝野保守与开放的思想激烈冲突。经镇压太平军、捻军而兴起的湘军、淮军等地方实力派，各封疆大吏互相掣肘。在这一团乱麻中要理出个头绪，师夷制夷，造船强军，谈何容易。况且在家乡事，关系更复杂。本来，沈葆桢是不想接这个摊子的，但左宗棠三顾茅庐力请出山，并亲自为他配好各种助手，请“红顶商人”胡雪岩帮他筹钱，又一再上书朝廷，催其就职。忠孝不能两全，孝期未满的沈葆桢就走马上任了。
马尾，地处闽江入海口，形同马的尾巴，地低而土软，要建厂就得清理地基，类似现在的“三通一平”。他们先打入五千根木桩，加固岸基，填高近两米的土层，然后遍植榕树以固定厂房、船坞的周边。沈葆桢带头栽下了第一棵榕树，然后挥笔写下一副对联，悬于船政衙门的大柱上：
以一簧为始基，自古天下无难事
致九泽之新法，于今中国有圣人
他要引进新法，以精卫精神，一筐一筐地填海筑基，开创近代中国的造船大业，不信事情办不成。
“权自我操”，逆流而上，沈葆桢快刀斩乱麻
沈葆桢坐在船政衙门的大堂上，看着外面熙熙攘攘的工地、堆积如山的物资，特别是门外榕树上那些七长八短、随风舞动的气根，心乱如麻。
“船政”是一个洋务新词。是指海防及与船舰有关的一切事务，包括建厂、造船、办船校、买船、延请外国专家、制定相关政策、办理对外交涉等等。总之，都是过去没有过的新事，所以专设一个“船政衙门”，直属中央，类似我们改革开放初的“改革办”“特区办”。
一八六六年的世界，西方工业革命已经走过了一百年。西班牙、荷兰、英国、法国都有了横行世界的蒸汽机舰队，而中国还在海上摇橹划桨或借风行船。思想开放的左宗棠，曾在杭州西湖里仿造了一条小洋船，但行之无力。逐决定引进洋技师、洋工匠开船厂、办船校。
新事物一开始就遇到保守势力的顽强阻挠，还没有造船，就先是一场思想大论战，这很有点像中国改革开放初的“真理大讨论”。许多朝中和地方的大员说，只要“以忠信为甲冑，礼义为干橹”就能战无不胜，“何必师事夷人”。左宗棠痛斥这帮迂腐之臣，他上书说：“臣愚以为，欲防海之害而收其利，非整理水师不可。泰西巧，而中国不必安于拙也；泰西有，而中国不能傲以无也。”“安于拙、傲以无”，左宗棠尖刻地画出了保守的当权者的嘴脸。
当时的福建地方官吴棠愚顽不化，沈葆桢来马尾办船政，他在经费、人力、材料、土地等方面，事事发难，处处拆台，几乎是“逢沈必反”。此人有一个特殊的背景，他早先在苏北运河边任一小知县，某日，一位曾有恩于他的官员扶柩南下，停于河上。吴遣差人送去银子三百两。正巧，有一位在旗少女扶父亲的灵柩北上，也停于河边。阴差阳错，差人将银子误投到旗女的船上。吴明知投错，也不好追回。谁知，这位少女就是后来的慈禧太后。天上掉馅饼，吴后半生有了一个大靠山，不断被提拔，处处受保护。现在他与沈不合，上面虽知船政重要，但总是和稀泥，劝沈与他和忠共济。有时一个重大历史的结点，就“结”在一个人身上，一个人可以绑架历史，影响国运。沈愤怒地上书：“船政之事，非诸臣之事，国家之事也”“非不知和忠共济”，而“大局攸关，安忍、顾虑、瞻徇，负朝廷委任”。表示“惟有毁誉听之人，祸福听之天，竭尽愚诚”。