土肥原和广田弘毅竟要越过国际法庭，直接向美国最高法院提起上诉。上海、马尼拉、新加坡、仰光、西贡以及苏联的伯力等地也设立了军事法庭。
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话说１９４６年５月３日，远东军事法庭正式开庭。
远东军事法庭设在日本东京，审判地点设在东京市谷山的前陆军士官学校，战争时陆军省和参谋本部所在地。
这昔日的陆军部外表古旧，四周是大战后尚未重建的废墟，一派战后残破的景象。美国军人选择这样一个所在，是想让旁观者及日本国民知晓，多行不义必自毙，奉劝好战的小日本向善。而且，这陆军省离战犯关押所在地巢鸭监狱仅五六公里，距离近，押运道路上不易出事。
不过，这大厅内部可并不象外表那样寒伧，大厅本为西方式建筑结构，宽敞高大，美国占领军司令部下令按美国标准连续整修了几个月，因此，看起来又华丽又现代化。
令小日本愤愤不平的是，东京法庭庭长韦伯的办公室就设在第一号战犯东条英机的办公室里。
开庭前，关于法官的坐次曾出现争执，除首席法官外，第一个座位当属美国，这例无甚异议。中国在此次反法西斯战争中，八年浴血奋战，抗击日本侵略者的时间比任何国家都长，中国人民所遭受日寇侵略之苦难比哪国都多，对战胜日本法西斯做出了举世公认的贡献，当之无愧应坐第二位，但由于当时经济落后，民穷国弱，在这重大的国际事件中却是处处受辱，诸列强都想方设法要僭越其前。
这次派往日本的中国法官梅汝-虽是身单力薄的一个书生，却有极强的民族自尊心，眼见各列强这般欺凌中国，便操一口流利的英语与之据理力争：既然当初约定坐次应按投降书上各受降国签字顺序而定，那便还应按美、中、英、苏、加、法……之序安排，怎么能随意变换呢？众法官对这位不同凡响的中国人也不由得刮目相看，再加上他们本无道理，最终只得同意了梅法官的意见。消息传回国内，上至政府，下至百姓无不感到快慰。
５月３日一大早，十一位身着法官服，面部严肃的法官，鱼贯而入，坐在高台的审判席上。在他们身后高悬着美国、中国、苏联、英国、加拿大、法国等十一国的国旗。当年，正是这十一国的人民奋起抗敌，才共同打败了日本法西斯。
台下左、右两边是公诉方代表，辩护方代表、速记员和译员的席位。大厅的另一面也有一个不太高的平台，上面有两条长椅，是被告席。右面是二百个记者席，上面早已挤满了各国记者。楼上则是旁听席，三百名盟国代表和二百名日本代表挤满了所有位子，各种语言在大厅里嗡嗡作响。
上午８时５０分，一辆美式军用客车由军警开道，挤过黑压压的围观人潮，"嘎"的一声停在这座老式建筑门前。须臾，车中间那道铁门缓缓开启，先是跳下几个头戴白盔、腿套白色护套的身强力壮的美国宪兵，接着，二十八名战犯走下车来。
说到这二十八名战犯被告的确定，还有一番故事。
远东国际军事法庭对战犯的审判，由检察长提起控诉。依照《远东国际军事法庭宪章》，与日本处于战争状态之联合国家均各派一各陪席检察官协助检察长工作。这次的检察长，是由美国指派的基南担任。他和陪席检察长组成同盟国家检察局。
军事法庭由美国主宰，检查局自然也不例外。多数国家只派一名法官和三四名工作人员参加，而美国一家就有一百多人，苏联代表比其他国家多一些，也只有四十仆人参加。另外，检察局还聘请了二百多日本人从事翻译工作。那基南要调度这样一大批人，自然也有不少难处。三拖两拖，原定于１９４６年初开始的审判就延误下来。