高等教育投资体制改革不仅要求政府负有“为主”的责任，而且对其他投资主体也提出了新的要求。高校作为教育投资的客体也绝不仅仅是作为经费接受者的角色，从本质上看，各个渠道的经费投入都是建立在高校的高质量的劳动成果——高质量的人才、科技成果和服务效果基础上进行交换而得到的，没有高水平的办学成果是难以获取更多的教育经费的。因此，要更多地发挥高校的自主性和能动性，完善高校教育经费的筹措体制，进一步提高投资效益。
（一）高校要大力推进科技创新
高校要通过加强科技创新平台和科技创新队伍建设，进一步提高自主创新能力和集成创新能力；加速科技成果转化，出让专利技术，促进高新技术产业化，实现产、学、研结合，发展高校科技企业和企业集团，加大高校科技园区或生产力促进中心的建设，将科技发明的优势快速地转化为效益和经济上的优势。另外，高校可以凭借自身在人力、科技、信息、实验设备等多方面的优势条件，开展多种形式的科技服务、合作项目及信息咨询等活动，不断拓宽经费来源渠道，增强资金总量的供给。
（二）实行高校微观管理创新，改革内部的资金等财务管理体制
一是进一步改革微观管理体制，加快和完善后勤社会化改革，大力压缩不必要的行政后勤成本；改革高校公费医疗制度，由学校、保险机构共同承担医疗费用制度，以减轻高校负担，增强高校适应社会的能力；改革离退休制度，推行社会和高校共同养老保险制度。总之，高校要大胆实行住房、医疗和社会保障体制改革，彻底改变“学校办社会”的局面。
二是在微观财务管理上，要建立健全经济责任制，提高年度预算核定和预算管理的科学性。高校编制预算要坚持“量入为出、收支平衡”的总原则：收入预算坚持积极稳妥原则，支出预算坚持统筹兼顾、保证重点、勤俭节约等原则。自主统筹安排使用好主管部门核定的预算经费，并加强成本核算，以避免浪费和效率低下，提高办学效益。
三是建立科学的管理制度和有效的监督体系。高校既要根据学校情况制定具体的筹资方案和措施，又要制定各种资金的具体管理和使用办法，还要将各种资金的收支情况定期公布，实行由校长每年向全校做包括学校运行与财务状况在内的年度报告的制度，接受师生和社会对办学质量和效益的民主监督与评议，使高校的资金等财务管理制度更加科学、合理。